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- PDB-6lxj: Crystal structure of human Z2B3 Fab in complex with influenza vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxj
タイトルCrystal structure of human Z2B3 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Anhui/1/2013 (H7N9)
要素
  • Heavy chain of Z2B3 Fab
  • Light chain of Z2B3 Fab
  • Neuraminidase
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / antibody / antigen / complex / IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.903 Å
データ登録者Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Wu, Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
Ministry of Science and Technology (China)2018ZX10733403 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030204 中国
Ministry of Science and Technology (China)2018ZX10101004-001 中国
Chinese Academy of Sciences2016086 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Modification of an Anti-neuraminidase Human Antibody Restores Protection Efficacy against the Drifted Influenza Virus.
著者: Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Bi, Y. / Rijal, P. / Wang, H. / Oladejo, B.O. / Liu, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Townsend, A.R. / Wu, Y.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年12月9日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
H: Heavy chain of Z2B3 Fab
L: Light chain of Z2B3 Fab
E: Heavy chain of Z2B3 Fab
F: Light chain of Z2B3 Fab
J: Heavy chain of Z2B3 Fab
K: Light chain of Z2B3 Fab
M: Heavy chain of Z2B3 Fab
N: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,37028
ポリマ－365,93112
非ポリマー10,44016
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49820 Å2
ΔGint44 kcal/mol
Surface area118240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.307, 207.514, 207.702
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 HEJMLFKN

#2: 抗体
Heavy chain of Z2B3 Fab


分子量: 25133.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体
Light chain of Z2B3 Fab


分子量: 22796.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 43553.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Anhui/1-BALF_RG44/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Anhui/1-BALF_RG44/2013(H7N9) / 遺伝子: NA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A024E1X5, exo-alpha-sialidase
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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糖 , 4種, 12分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 94896 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.7 % / Num. unique obs: 94896 / CC1/2: 0.998 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MWJ, 5W0D

4mwj

5w0d


解像度: 2.903→48.911 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 4742 5 %
Rwork0.1932 --
obs0.1956 94896 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.25 Å2 / Biso mean: 39.882 Å2 / Biso min: 10.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.903→48.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24832 0 691 0 25523
Biso mean--48.38 --
残基数----3238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01226251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22335888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3569738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9034-2.93640.371510.28612845X-RAY DIFFRACTION95
2.9364-2.9710.35691350.27712930X-RAY DIFFRACTION97
2.971-3.00720.34841540.26492933X-RAY DIFFRACTION98
3.0072-3.04520.29591240.26272998X-RAY DIFFRACTION98
3.0452-3.08530.35451600.25822934X-RAY DIFFRACTION98
3.0853-3.12760.30851620.24982966X-RAY DIFFRACTION99
3.1276-3.17220.32351820.24712926X-RAY DIFFRACTION99
3.1722-3.21960.33921670.24662982X-RAY DIFFRACTION99
3.2196-3.26990.29211700.24372977X-RAY DIFFRACTION99
3.2699-3.32350.29521560.24142955X-RAY DIFFRACTION99
3.3235-3.38080.32021730.23792976X-RAY DIFFRACTION99
3.3808-3.44220.2681840.23062950X-RAY DIFFRACTION99
3.4422-3.50840.25061830.20662966X-RAY DIFFRACTION99
3.5084-3.580.23811610.2042968X-RAY DIFFRACTION99
3.58-3.65780.24141430.20573007X-RAY DIFFRACTION99
3.6578-3.74290.23751520.18593005X-RAY DIFFRACTION100
3.7429-3.83650.25371570.19053023X-RAY DIFFRACTION100
3.8365-3.94010.26911380.19513024X-RAY DIFFRACTION100
3.9401-4.0560.25331760.18172996X-RAY DIFFRACTION100
4.056-4.18690.21171500.16033073X-RAY DIFFRACTION100
4.1869-4.33640.18391470.15843016X-RAY DIFFRACTION100
4.3364-4.50990.1911490.1563080X-RAY DIFFRACTION100
4.5099-4.7150.17721520.14523014X-RAY DIFFRACTION100
4.715-4.96340.18861720.14963052X-RAY DIFFRACTION100
4.9634-5.2740.19361840.15973016X-RAY DIFFRACTION100
5.274-5.68070.23451570.16463045X-RAY DIFFRACTION100
5.6807-6.25130.20881430.18053112X-RAY DIFFRACTION100
6.2513-7.15350.22311270.18023105X-RAY DIFFRACTION100
7.1535-9.00340.2081570.17383123X-RAY DIFFRACTION100
9.0034-48.91830.22271760.19733157X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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