+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lxj | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human Z2B3 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Anhui/1/2013 (H7N9) | ||||||||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / antibody / antigen / complex / IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.903 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Wu, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2020 タイトル: Structure-Based Modification of an Anti-neuraminidase Human Antibody Restores Protection Efficacy against the Drifted Influenza Virus. 著者: Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Bi, Y. / Rijal, P. / Wang, H. / Oladejo, B.O. / Liu, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Townsend, A.R. / Wu, Y. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lxj.cif.gz | 629.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6lxj.ent.gz | 518 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lxj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lxj_validation.pdf.gz | 5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6lxj_full_validation.pdf.gz | 5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lxj_validation.xml.gz | 109.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lxj_validation.cif.gz | 150.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-抗体 , 2種, 8分子 HEJMLFKN
#2: 抗体 | 分子量: 25133.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) #3: 抗体 | 分子量: 22796.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
---|
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 43553.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Anhui/1-BALF_RG44/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Anhui/1-BALF_RG44/2013(H7N9) / 遺伝子: NA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A024E1X5, exo-alpha-sialidase #8: 化合物 | ChemComp-CA / |
---|
-糖 , 4種, 12分子
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
---|---|---|---|---|---|
#5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 94896 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.7 % / Num. unique obs: 94896 / CC1/2: 0.998 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MWJ, 5W0D 解像度: 2.903→48.911 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.58
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.25 Å2 / Biso mean: 39.882 Å2 / Biso min: 10.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.903→48.911 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|