PDB-6lva: Cu- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lva

タイトル

Cu- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lva.cif.gz	215.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lva.ent.gz	165.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lva_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lva_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6lva_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	6lva_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luwC 6luxC 6luyC 6luzC 6lv1C 6lv2C 6lv3C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ymb-d 5jdv-d 6lv5-d 1bcd-d 4kuw-d 6rvf-d 3mhl-d 6otm-d 1kwr-d 5ehv-d 6sks-d 4yxu-d 7jnx-d 1bnw-d 3p5l-d 6gxb-d 6sdj-d 4bf6-d 5amg-d 1ca2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.359, 41.402, 72.307
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.972, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 73862 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 3600 / CC_1/2: 0.906 / CC star: 0.975 / R_pim(I) all: 0.175 / R_rim(I) all: 0.481 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.876 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1419	3775	-
R_work	0.113	-	-
all	0.114	-	-
obs	-	73841	96.83 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.628 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.042 Å²	-0 Å²	-0.019 Å²
2-	-	0.106 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	11	360	2420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.019	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.46	1.952	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.222	3	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.08	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.808	24.904	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.452	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.522	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.183	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.34	0.2	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.39	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.147	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.326	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.282	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.405	0.797	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.13	0.793	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.506	1.205	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.519	1.207	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.545	1.07	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.545	1.07	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.979	1.49	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.978	1.49	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.668	9.093	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.862	7.846	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	46.338	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.649	5	4488
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.079	3	4287

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.282	252	0.257	5002	5589	94.0061	0.225
1.231-1.265	0.222	263	0.173	4936	5488	94.734	0.149
1.265-1.301	0.148	266	0.105	4753	5277	95.1109	0.093
1.301-1.341	0.132	282	0.093	4654	5169	95.4924	0.08
1.341-1.385	0.139	222	0.09	4560	4992	95.7933	0.078
1.385-1.434	0.143	234	0.085	4436	4853	96.2291	0.075
1.434-1.488	0.121	246	0.081	4276	4681	96.6033	0.073
1.488-1.548	0.122	226	0.081	4124	4492	96.8388	0.074
1.548-1.617	0.123	235	0.084	3936	4291	97.2035	0.079
1.617-1.696	0.126	193	0.085	3852	4156	97.3292	0.081
1.696-1.787	0.12	208	0.088	3624	3912	97.955	0.087
1.787-1.895	0.118	180	0.091	3495	3744	98.1571	0.092
1.895-2.025	0.119	167	0.094	3287	3512	98.3485	0.096
2.025-2.187	0.137	160	0.099	3068	3267	98.8062	0.104
2.187-2.394	0.117	149	0.098	2814	2995	98.9315	0.106
2.394-2.675	0.151	128	0.109	2604	2753	99.2372	0.12
2.675-3.084	0.118	104	0.115	2292	2408	99.5017	0.128
3.084-3.768	0.135	132	0.123	1938	2078	99.615	0.143
3.768-5.287	0.168	76	0.155	1524	1613	99.194	0.178
5.287-30.002	0.271	52	0.271	882	945	98.836	0.317

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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