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- PDB-6lv6: Ni- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lv6
タイトルNi- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / CARBON DIOXIDE / NICKEL (II) ION / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kim, C.U. / Kim, J.K.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1004274 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.
履歴
登録2020年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6046
ポリマ－29,2891
非ポリマー3155
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.395, 41.365, 72.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.014, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

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非ポリマー , 5種, 352分子

#2: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 72523 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 3500 / CC1/2: 0.939 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.148 / Rrim(I) all: 0.405 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124 2015/06/02精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0124位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk


解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.815 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.138 3718 -
Rwork0.1124 --
all0.114 --
obs-72507 95.365 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.027 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.038 Å2-0 Å20.075 Å2
2---0.114 Å2-0 Å2
3---0.102 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 15 347 2411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0192223
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3821.9533035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.20834805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1885283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72424.904104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.35615372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.817157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1920.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2930.21662
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1980.24052
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.22098
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.22062
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0120.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2150.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3210.292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2020.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1010.7671078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8140.7631077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.631.161361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6391.1631362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9891.0271145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9931.0271142
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5421.431668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5441.431666
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.1348.5262842
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.0467.4952656
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.52583
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.17354484
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.2234290
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.2-1.2310.2592500.2264896558792.10670.195
1.231-1.2650.1962520.1594803545292.71830.137
1.265-1.3010.1452660.14650527693.17670.09
1.301-1.3410.1322820.094564517393.67870.08
1.341-1.3850.1332110.0854456496294.05480.077
1.385-1.4340.1222350.0824326482294.58730.075
1.434-1.4880.1242410.0814203467894.99790.076
1.488-1.5480.1072170.0764057448595.29540.073
1.548-1.6170.1152400.0833840427195.5280.082
1.617-1.6960.1211900.0863800416795.75230.086
1.696-1.7870.1142010.0893563388896.81070.091
1.787-1.8950.1191710.093452373397.05330.095
1.895-2.0250.1141660.0963226350196.88660.103
2.025-2.1870.131600.0993028325697.91150.109
2.187-2.3940.1211520.1012784299697.99730.115
2.394-2.6750.1521230.1162567273898.24690.134
2.675-3.0840.1381040.1212270240398.79320.146
3.084-3.7680.1211300.1251917206699.08030.157
3.768-5.2870.164740.1571512161698.14360.192
5.287-30.0020.294520.27386994197.87460.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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