PDB-6lv3: Co- Carbonic Anhydrase II pH 11.0 0 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lv3

タイトル

Co- Carbonic Anhydrase II pH 11.0 0 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lv3.cif.gz	211.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lv3.ent.gz	163.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luwC 6luxC 6luyC 6luzC 6lv1C 6lv2C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 6lvaC 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qtl-d 3m1j-d 4cnw-1 1fsr-2 3p55-d 4e3h-d 3u7c-d 5dsp-d 6oum-d 5wlr-d 4m2v-d 4qjm-d 2geh-d 3t84-d 5zxw-d 3m2y-d 6uh0-d 6yzl-d 6eda-d 6ebe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.330, 41.259, 72.083
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.127, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 11 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 71904 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 3443 / CC_1/2: 0.909 / CC star: 0.976 / R_pim(I) all: 0.179 / R_rim(I) all: 0.497 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.916 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1489	3686	-
R_work	0.1229	-	-
all	0.124	-	-
obs	-	71822	94.966 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.022 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	0.032 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	7	265	2321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.031	0.019	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.484	1.951	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.309	3	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.637	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.164	24.952	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.863	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.712	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.211	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.287	0.2	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.107	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.336	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.336	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.583	1.058	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.456	1.052	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.055	1.593	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.107	1.597	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.379	1.392	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.378	1.392	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.948	1.95	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.947	1.951	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.626	10.184	2721
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.493	9.622	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	37.488	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.853	5	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.027	3	4298

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.283	250	0.25	4867	5563	91.9827	0.221
1.231-1.265	0.219	256	0.187	4708	5381	92.2505	0.161
1.265-1.301	0.162	269	0.119	4621	5271	92.7718	0.105
1.301-1.341	0.165	268	0.106	4521	5134	93.2801	0.091
1.341-1.385	0.137	218	0.092	4437	4963	93.7941	0.08
1.385-1.434	0.134	225	0.088	4258	4771	93.9635	0.077
1.434-1.488	0.128	237	0.083	4143	4642	94.3559	0.075
1.488-1.548	0.12	216	0.081	4020	4461	94.9563	0.075
1.548-1.617	0.123	239	0.081	3818	4266	95.1008	0.078
1.617-1.696	0.126	183	0.087	3775	4136	95.6963	0.084
1.696-1.787	0.13	207	0.094	3549	3894	96.4561	0.095
1.787-1.895	0.121	170	0.099	3399	3704	96.3553	0.102
1.895-2.025	0.137	160	0.106	3200	3479	96.5795	0.113
2.025-2.187	0.129	159	0.109	3018	3247	97.8442	0.12
2.187-2.394	0.128	151	0.11	2745	2976	97.3118	0.125
2.394-2.675	0.17	123	0.13	2541	2719	97.9772	0.151
2.675-3.084	0.15	101	0.138	2260	2396	98.5392	0.168
3.084-3.768	0.141	128	0.133	1904	2053	98.9771	0.166
3.768-5.287	0.188	70	0.158	1490	1610	96.8944	0.203
5.287-30.002	0.217	52	0.269	847	935	96.1497	0.343

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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