PDB-6lv2: Co- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lv2

タイトル

Co- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lv2.cif.gz	215.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lv2.ent.gz	165.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luwC 6luxC 6luyC 6luzC 6lv1C 6lv3C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 6lvaC 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dvd-d 3gz0-d 5zxw-d 3mni-d 6ouk-d 3ibn-d 5yuk-d 3mzc-d 1cay-d 1cal-d 1zsa-d 2nxr-d 3kon-d 1cnh-d 1caj-d 5sz6-d 4fvn-d 4zwy-d 2cbe-d 1am6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.324, 41.315, 72.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.034, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 337分子

#2: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 74665 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3665 / CC_1/2: 0.832 / CC star: 0.953 / R_pim(I) all: 0.259 / R_rim(I) all: 0.706 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 0.905 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1392	3826	-
R_work	0.1138	-	-
all	0.115	-	-
obs	-	74640	98.335 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.161 Å²	-0 Å²	-0.154 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	14	333	2396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.019	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.284	1.953	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.196	3	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.975	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.559	24.904	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.996	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.997	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.194	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.313	0.2	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.443	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.33	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.519	1.003	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.385	0.998	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.544	1.512	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.564	1.514	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.825	1.314	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.829	1.315	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.982	1.845	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.983	1.847	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.848	10.586	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.803	9.472	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	42.738	5	74
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.746	5	4478
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.076	3	4290

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.296	256	0.277	5128	5575	96.574	0.253
1.231-1.265	0.233	268	0.195	4980	5422	96.7908	0.173
1.265-1.301	0.173	280	0.127	4832	5267	97.0571	0.112
1.301-1.341	0.145	283	0.11	4751	5177	97.2378	0.095
1.341-1.385	0.148	226	0.095	4607	4952	97.5969	0.083
1.385-1.434	0.132	240	0.086	4467	4806	97.9401	0.075
1.434-1.488	0.124	244	0.082	4343	4669	98.2437	0.074
1.488-1.548	0.11	226	0.078	4185	4481	98.4379	0.072
1.548-1.617	0.112	244	0.079	3965	4269	98.5945	0.075
1.617-1.696	0.124	193	0.085	3900	4145	98.7455	0.082
1.696-1.787	0.128	211	0.09	3657	3898	99.2304	0.09
1.787-1.895	0.115	176	0.089	3523	3721	99.4088	0.092
1.895-2.025	0.12	170	0.091	3309	3497	99.4853	0.096
2.025-2.187	0.127	164	0.098	3081	3254	99.7234	0.106
2.187-2.394	0.118	154	0.095	2827	2987	99.7991	0.109
2.394-2.675	0.144	126	0.109	2606	2732	100	0.126
2.675-3.084	0.135	105	0.115	2296	2401	100	0.139
3.084-3.768	0.122	131	0.118	1931	2063	99.9515	0.149
3.768-5.287	0.151	77	0.145	1528	1613	99.504	0.181
5.287-30.002	0.245	52	0.263	878	940	98.9362	0.339

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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