PDB-6luz: Zn- Carbonic Anhydrase II pH 11.0 20 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6luz

タイトル

Zn- Carbonic Anhydrase II pH 11.0 20 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6luz.cif.gz	215.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6luz.ent.gz	165.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6luz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6luz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6luz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6luz_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	6luz_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luwC 6luxC 6luyC 6lv1C 6lv2C 6lv3C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 6lvaC 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tvn-d 6luy-d 5fnm-d 6u4q-d 1zsa-d 6sdt-d 5yui-d 4r5a-d 5tya-d 4qy3-d 3gz0-d 3oy0-d 5dso-d 6uzu-d 6e92-d 1cng-d 3daz-d 1zsb-d 6e8p-d 5wex-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.390, 41.466, 72.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.106, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 11 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 72147 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 29.9
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 11.8 / Num. unique obs: 3492 / CC_1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / R_pim(I) all: 0.079 / R_rim(I) all: 0.218 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 0.686 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1273	3696	-
R_work	0.1033	-	-
all	0.105	-	-
obs	-	72112	94.638 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.098 Å²	0 Å²	0.052 Å²
2-	-	-0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	13	365	2427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.019	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.368	1.952	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.23	3	4807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.048	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.415	24.904	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.808	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.373	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.199	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.312	0.2	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.146	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.305	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.279	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.171	0.858	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.109	0.855	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.934	1.298	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.943	1.3	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.858	1.124	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.858	1.124	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.253	1.57	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.252	1.571	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.557	9.334	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.509	8.189	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	45.232	5	81
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.92	5	4506
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.408	3	4293

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.152	247	0.132	4894	5610	91.6399	0.123
1.231-1.265	0.133	264	0.105	4786	5475	92.2374	0.096
1.265-1.301	0.129	259	0.09	4596	5276	92.0205	0.081
1.301-1.341	0.119	284	0.081	4506	5165	92.7396	0.073
1.341-1.385	0.126	212	0.077	4466	5003	93.5039	0.071
1.385-1.434	0.119	229	0.075	4303	4820	94.0249	0.071
1.434-1.488	0.112	239	0.074	4176	4681	94.3175	0.072
1.488-1.548	0.098	219	0.075	4025	4488	94.5633	0.074
1.548-1.617	0.11	236	0.075	3834	4285	94.9825	0.075
1.617-1.696	0.112	184	0.082	3782	4171	95.0851	0.084
1.696-1.787	0.113	205	0.086	3537	3894	96.0966	0.091
1.787-1.895	0.108	170	0.089	3439	3756	96.0863	0.096
1.895-2.025	0.122	163	0.094	3230	3515	96.5292	0.103
2.025-2.187	0.119	159	0.096	3022	3254	97.7566	0.11
2.187-2.394	0.108	155	0.095	2767	3007	97.1733	0.113
2.394-2.675	0.135	121	0.106	2557	2738	97.8086	0.129
2.675-3.084	0.129	103	0.116	2266	2408	98.3804	0.142
3.084-3.768	0.134	129	0.118	1907	2071	98.31	0.153
3.768-5.287	0.163	70	0.151	1469	1615	95.2941	0.196
5.287-30.002	0.267	48	0.273	841	945	94.0741	0.355

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関連情報:EMDBヘッダ

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