PDB-6luw: Zn- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6luw

タイトル

Zn- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6luw.cif.gz	211.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6luw.ent.gz	163.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6luw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6luw_validation.pdf.gz	928.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6luw_full_validation.pdf.gz	933.5 KB	表示
XML形式データ	6luw_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6luw_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luxC 6luyC 6luzC 6lv1C 6lv2C 6lv3C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 6lvaC 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e2k-d 5eh8-d 5sz4-d 4knj-d 3s73-d 6yo2-d 1cal-d 1oq5-d 4zwy-d 1uga-d 3dc3-d 6rzx-d 3k2f-d 5wgp-d 5nxi-d 1cin-d 5jes-d 1kwr-d 6ca2-d 2nxr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.206, 41.283, 72.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.184, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 74586 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique obs: 3646 / CC_1/2: 0.938 / CC star: 0.984 / R_pim(I) all: 0.151 / R_rim(I) all: 0.106 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 0.848 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1409	3820	-
R_work	0.1165	-	-
all	0.118	-	-
obs	-	74561	98.768 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.109 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.112 Å²	-0 Å²	-0.025 Å²
2-	-	0.089 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.032 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	7	263	2319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.019	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.437	1.951	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	3	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.689	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.522	24.952	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.49	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.037	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.192	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.272	0.2	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.077	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.312	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.187	0.98	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.149	0.975	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.828	1.48	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.872	1.483	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.714	1.301	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.714	1.301	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.463	1.816	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.462	1.816	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.908	9.566	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.617	9.003	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	44.357	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.632	5	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.901	3	4298

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.231	255	0.228	5135	5533	97.4155	0.195
1.231-1.265	0.205	266	0.161	4976	5378	97.4712	0.136
1.265-1.301	0.138	293	0.106	4847	5266	97.6073	0.09
1.301-1.341	0.13	277	0.091	4746	5126	97.9906	0.079
1.341-1.385	0.125	229	0.082	4630	4947	98.2211	0.071
1.385-1.434	0.136	232	0.084	4474	4780	98.4519	0.074
1.434-1.488	0.122	248	0.08	4328	4634	98.7484	0.072
1.488-1.548	0.115	223	0.077	4182	4454	98.8999	0.072
1.548-1.617	0.123	243	0.081	3985	4267	99.086	0.077
1.617-1.696	0.12	192	0.082	3884	4108	99.221	0.079
1.696-1.787	0.123	215	0.089	3672	3900	99.6667	0.089
1.787-1.895	0.117	179	0.096	3504	3694	99.7022	0.098
1.895-2.025	0.133	165	0.104	3290	3462	99.7978	0.109
2.025-2.187	0.131	165	0.106	3091	3256	100	0.113
2.187-2.394	0.118	151	0.106	2815	2966	100	0.117
2.394-2.675	0.16	127	0.124	2577	2704	100	0.14
2.675-3.084	0.144	105	0.132	2302	2408	99.9585	0.154
3.084-3.768	0.141	127	0.132	1912	2041	99.902	0.158
3.768-5.287	0.177	74	0.158	1514	1610	98.6335	0.196
5.287-30.002	0.202	52	0.252	868	932	98.7124	0.308

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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