PDB-6luv: apo- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6luv

タイトル

apo- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6luv.cif.gz	216.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6luv.ent.gz	168 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6luv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6luv_validation.pdf.gz	911 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6luv_full_validation.pdf.gz	916.8 KB	表示
XML形式データ	6luv_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	6luv_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luwC 6luxC 6luyC 6luzC 6lv1C 6lv2C 6lv3C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 6lvaC 5dsrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5sz0-d 6lv6-d 1i9m-d 3hkt-d 4dz9-d 5sz3-d 2eu2-d 5ny3-d 6oto-d 5c8i-d 1g3z-d 5ehv-d 6bc9-d 6rmp-d 4dz7-d 3sap-d 5sz6-d 1fqm-d 3kon-d 1caj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.256, 41.383, 72.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.179, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 71467 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 3475 / CC_1/2: 0.903 / CC star: 0.974 / R_pim(I) all: 0.191 / R_rim(I) all: 0.517 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DSR

5dsr

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.951 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1483	3657	-
R_work	0.1169	-	-
all	0.119	-	-
obs	-	71305	94.285 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.896 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.088 Å²	0 Å²	0.002 Å²
2-	-	-0.052 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.033 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	12	373	2434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.019	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.435	1.95	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.235	3	4812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.43	24.904	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.176	15	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.853	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.175	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.335	0.2	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.31	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.299	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.442	1.118	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.43	1.114	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.598	1.689	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.62	1.692	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.298	1.41	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.294	1.408	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.7	1.988	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.693	1.987	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.69	11.767	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.074	10.476	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	42.253	5	79
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.305	5	4528
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.552	3	4305

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.31	250	0.307	4818	5546	91.3812	0.275
1.231-1.265	0.258	250	0.23	4686	5395	91.4921	0.203
1.265-1.301	0.2	269	0.151	4578	5267	92.0258	0.132
1.301-1.341	0.156	271	0.111	4487	5136	92.6402	0.098
1.341-1.385	0.144	208	0.094	4397	4958	92.8802	0.083
1.385-1.434	0.146	228	0.086	4243	4790	93.3403	0.077
1.434-1.488	0.126	239	0.08	4121	4643	93.9048	0.074
1.488-1.548	0.134	212	0.08	3986	4458	94.1678	0.076
1.548-1.617	0.124	240	0.082	3801	4268	94.6814	0.08
1.617-1.696	0.126	183	0.086	3737	4128	94.9612	0.086
1.696-1.787	0.123	202	0.089	3524	3891	95.7594	0.093
1.787-1.895	0.112	165	0.088	3392	3706	95.9795	0.093
1.895-2.025	0.124	161	0.091	3182	3471	96.3123	0.1
2.025-2.187	0.125	160	0.097	2994	3248	97.1059	0.11
2.187-2.394	0.12	151	0.095	2737	2970	97.2391	0.113
2.394-2.675	0.15	121	0.108	2535	2725	97.4679	0.133
2.675-3.084	0.13	102	0.118	2258	2404	98.1697	0.148
3.084-3.768	0.14	125	0.118	1886	2046	98.2893	0.158
3.768-5.287	0.183	69	0.161	1427	1607	93.0927	0.21
5.287-30.002	0.3	50	0.273	832	935	94.3316	0.351

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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