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万見
- PDB-6lut: Crystal structure of Serine Racemase from Dictyostelium discoideum. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lut
タイトルCrystal structure of Serine Racemase from Dictyostelium discoideum.
要素Probable serine racemase
キーワードISOMERASE / D-amino acid / Racemase / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


protein dehydration / Serine metabolism / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity ...protein dehydration / Serine metabolism / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine catabolic process / pyruvate biosynthetic process / L-serine catabolic process / L-serine metabolic process / pyridoxal phosphate binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Goto, M. / Mizobuchi, T. / Yoshimura, T.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2020
タイトル: Mechanism of eukaryotic serine racemase-catalyzed serine dehydration.
著者: Ito, T. / Matsuoka, M. / Goto, M. / Watanabe, S. / Mizobuchi, T. / Matsushita, K. / Nasu, R. / Hemmi, H. / Yoshimura, T.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine racemase
B: Probable serine racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1112
ポリマ－72,1112
非ポリマー00
水9,620534
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.642, 58.069, 64.530
Angle α, β, γ (deg.)87.400, 72.750, 69.600
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Probable serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase


分子量: 36055.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: srr, DDB_G0289463 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): top10
参照: UniProt: Q54HH2, L-serine ammonia-lyase, D-serine ammonia-lyase, serine racemase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.8 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 1540, sodium chloride, MPD, PIPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→61.496 Å / Num. all: 109316 / Num. obs: 109316 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.2 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.049 / Net I/av σ(I): 7.2 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 237696
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.35-1.422.20.3512.233241151950.3190.4760.351290.1
1.42-1.512.20.2133.633006150120.1930.2880.2133.193.6
1.51-1.612.20.1385.531186142240.1250.1870.1384.694.4
1.61-1.742.20.0977.528927132230.0870.1310.0976.394.7
1.74-1.912.20.0689.726666122650.0610.0920.0688.995.2
1.91-2.132.20.0512.424371112240.0450.0670.0512.696.1
2.13-2.462.20.04413.22141299060.0390.0590.0441596.9
2.46-3.022.10.04412.51805784460.0390.0590.04416.797.2
3.02-4.272.10.0413.91384265390.0360.0540.041997.6
4.27-36.7542.10.03714.9698832820.0320.0490.03719.389.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V71

1v71


解像度: 1.35→36.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 1.661 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.0857 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 5411 5 %RANDOM
Rwork0.2478 ---
obs0.2488 103890 94.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.14 Å2 / Biso mean: 19.954 Å2 / Biso min: 11.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20.25 Å2-0.64 Å2
2---1.46 Å20.71 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→36.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 0 534 5075
Biso mean---30.13 -
残基数----611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.9866273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5925616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.80525.974154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17415813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0581510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213304
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 384 -
Rwork0.334 7063 -
all-7447 -
obs--86.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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