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- PDB-6lup: Crystal structure of shark MHC CLASS I for 2.3 angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lup
タイトルCrystal structure of shark MHC CLASS I for 2.3 angstrom
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I protein
  • PHE-ALA-ASN-PHE-PHE-ILE-ARG-GLY-LEU
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / SHARK / ADAPTIVE IMMUNE / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / membrane => GO:0016020 / immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Wu, Y. / Xia, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2013CB835302 中国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2021
タイトル: The Structure of a Peptide-Loaded Shark MHC Class I Molecule Reveals Features of the Binding between beta 2 -Microglobulin and H Chain Conserved in Evolution.
著者: Wu, Y. / Zhang, N. / Wei, X. / Lu, S. / Li, S. / Hashimoto, K. / Dijkstra, J.M. / Xia, C.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I protein
B: Beta-2-microglobulin
C: PHE-ALA-ASN-PHE-PHE-ILE-ARG-GLY-LEU
D: MHC class I protein
E: Beta-2-microglobulin
F: PHE-ALA-ASN-PHE-PHE-ILE-ARG-GLY-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5936
ポリマ－85,5936
非ポリマー00
水2,882160
1
A: MHC class I protein
B: Beta-2-microglobulin
C: PHE-ALA-ASN-PHE-PHE-ILE-ARG-GLY-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7973
ポリマ－42,7973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I protein
E: Beta-2-microglobulin
F: PHE-ALA-ASN-PHE-PHE-ILE-ARG-GLY-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7973
ポリマ－42,7973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.859, 125.859, 132.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 MHC class I protein


分子量: 30672.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
遺伝子: Gici-UAA01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MX69
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11039.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
遺伝子: B2M, b2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4ZE04
#3: タンパク質・ペプチド PHE-ALA-ASN-PHE-PHE-ILE-ARG-GLY-LEU


分子量: 1085.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.5, 0.09 M HEPES sodium, 1.26 M Sodium citrate tribasic dihydrate,10% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月16日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 52646 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 21.185
反射 シェル解像度: 2.302→2.362 Å / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 4.267 / Num. unique obs: 3679 / % possible all: 99.38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y91

5y91


解像度: 2.302→45.622 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.272 / WRfactor Rwork: 0.246 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / Average fsc free: 0.8018 / Average fsc work: 0.8162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 2672 5.075 %
Rwork0.2553 49974 -
all0.257 --
obs-52646 99.835 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 62.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.092 Å2-0.046 Å2-0 Å2
2---0.092 Å20 Å2
3---0.299 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→45.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6032 0 0 160 6192
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.302-2.3620.3991990.41136790.4139020.6430.63999.38490.397
2.362-2.4260.3812150.37635630.37737850.6230.63899.81510.358
2.426-2.4960.3391930.35234400.35136420.7070.71599.75290.331
2.496-2.5730.361620.33634220.33735940.6920.69499.72180.312
2.573-2.6570.3691890.32132710.32434690.70.73399.74060.296
2.657-2.750.3311620.30731410.30833080.7940.80799.84880.278
2.75-2.8530.3021400.2931070.29132490.8440.84599.93840.262
2.853-2.9690.3321550.28629520.28931100.8130.84499.90350.259
2.969-3.1010.3311420.29128420.29329850.8290.84899.96650.265
3.101-3.2510.3151640.28826910.28928560.8550.85699.9650.268
3.251-3.4260.2551400.26225770.26227170.8930.8961000.251
3.426-3.6330.2911340.24824450.25125840.8740.90199.80650.243
3.633-3.8820.2671290.24222870.24324180.8950.9199.91730.248
3.882-4.190.2381010.22321610.22422620.9270.931000.243
4.19-4.5860.256980.20519870.20720850.9170.9381000.226
4.586-5.1210.22900.18317900.18418800.9430.951000.202
5.121-5.9010.2231080.18915660.19116750.9370.95299.94030.209
5.901-7.1980.216770.213320.20114090.9360.941000.222
7.198-10.0540.172500.15710660.15811160.9610.9691000.183
10.054-45.6220.309230.1976330.26570.9090.9699.84780.242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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