+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6luh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | High resolution structure of N(omega)-hydroxy-L-arginine hydrolase | ||||||
要素 | N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / antibiotic biosynthetic process / manganese ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces lavendulae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Oda, K. / Matoba, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of an Nomega-hydroxy-L-arginine hydrolase found in the D-cycloserine biosynthetic pathway. 著者: Oda, K. / Shimotani, N. / Kuroda, T. / Matoba, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6luh.cif.gz | 131.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6luh.ent.gz | 100 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6luh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luh | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30016.701 Da / 分子数: 2 / 断片: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア) 遺伝子: dcsB / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D2Z025, Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: PEG 4000, magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→44.09 Å / Num. obs: 72157 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 519387 / Scaling rejects: 2596 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Num. unique obs: 3541 / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.178 / Rrim(I) all: 0.484 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6LUG 解像度: 1.5→44.09 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 23.97
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.32 Å2 / Biso mean: 14.1934 Å2 / Biso min: 0.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→44.09 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
|