PDB-6lu3: Crystal structure of a substrate binding protein from Microbacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lu3

タイトル

Crystal structure of a substrate binding protein from Microbacterium hydrocarbonoxydans complexed with 4-hydroxybenzoate hydrazide

要素

Substrate binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Complex

機能・相同性

4-oxidanylbenzohydrazide

機能・相同性情報

生物種

Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Shimamura, K. / Akiyama, T. / Yokoyama, K. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of substrate recognition by the substrate binding protein (SBP) of a hydrazide transporter, obtained from Microbacterium hydrocarbonoxydans.
著者: Shimamura, K. / Akiyama, T. / Yokoyama, K. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.

履歴

登録	2020年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lu3.cif.gz	107.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lu3.ent.gz	79.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lu3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lu2C 6lu4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lu4-d 4mrq-d 3sn5-2 1p2y-d 4ncr-2 4zec-d 4ze9-d 6n1e-d 4pfd-2 1w0f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Substrate binding protein

ヘテロ分子

53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.296, 77.561, 121.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Substrate binding protein 分子量: 53585.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-HDH / 4-oxidanylbenzohydrazide / 4-hydroxybenzoic acid hydrazide / 4-ヒドロキシ安息香酸ヒドラジド分子量: 152.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS GAT74979 FOR THE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium acetate 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5 30% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 25212 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.203 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1252 / CC_1/2: 0.756 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→47.314 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	1297	5.153 %
R_work	0.2086	-	-
all	0.21	-	-
obs	-	25168	98.048 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.864 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.455 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.574 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.119 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.314 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3537	0	11	180	3728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3616
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.648	4946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.412	1.573	7545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.549	5	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.967	23.029	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.707	15	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.337	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.056	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	645
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.014	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.323	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.338	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.471	3.06	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.471	3.059	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.369	4.585	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.368	4.587	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.699	3.225	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.698	3.224	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.772	4.772	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.772	4.771	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.962	35.447	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.962	35.447	3856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.249	0.267	82	0.272	1536	X-RAY DIFFRACTION	85.9724
2.249-2.31	0.337	113	0.272	1660	X-RAY DIFFRACTION	98.1184
2.31-2.377	0.283	97	0.238	1624	X-RAY DIFFRACTION	98.1186
2.377-2.45	0.286	92	0.247	1629	X-RAY DIFFRACTION	98.3991
2.45-2.531	0.239	71	0.239	1560	X-RAY DIFFRACTION	98.6094
2.531-2.619	0.256	72	0.233	1503	X-RAY DIFFRACTION	98.6842
2.619-2.718	0.25	74	0.23	1485	X-RAY DIFFRACTION	98.9841
2.718-2.829	0.238	72	0.218	1425	X-RAY DIFFRACTION	99.0735
2.829-2.954	0.225	64	0.208	1362	X-RAY DIFFRACTION	99.0966
2.954-3.098	0.239	65	0.219	1309	X-RAY DIFFRACTION	98.7779
3.098-3.265	0.251	72	0.214	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.3949
3.265-3.463	0.236	69	0.216	1186	X-RAY DIFFRACTION	99.6032
3.463-3.701	0.213	74	0.194	1115	X-RAY DIFFRACTION	99.3317
3.701-3.997	0.177	50	0.173	1044	X-RAY DIFFRACTION	99.7265
3.997-4.377	0.196	68	0.167	952	X-RAY DIFFRACTION	99.6094
4.377-4.89	0.138	28	0.173	906	X-RAY DIFFRACTION	99.6798
4.89-5.642	0.229	53	0.197	779	X-RAY DIFFRACTION	100
5.642-6.897	0.198	35	0.217	679	X-RAY DIFFRACTION	99.8601
6.897-9.7	0.226	29	0.161	543	X-RAY DIFFRACTION	99.6516
9.7-47.3	0.191	17	0.209	332	X-RAY DIFFRACTION	98.8669

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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