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- PDB-6ltr: Crystal structure of Cas12i2 ternary complex with single Mg2+ bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ltr
タイトルCrystal structure of Cas12i2 ternary complex with single Mg2+ bound in catalytic pocket
要素
  • Cas12i2
  • DNA (35-MER)
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*T)-3')
  • RNA (56-mer)
  • trans ssDNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas / Cas12i2 / Cas12i2 ternary complex / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Huang, X. / Sun, W. / Cheng, Z. / Chen, M. / Li, X. / Wang, J. / Sheng, G. / Gong, W. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725008 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for two metal-ion catalysis of DNA cleavage by Cas12i2.
著者: Huang, X. / Sun, W. / Cheng, Z. / Chen, M. / Li, X. / Wang, J. / Sheng, G. / Gong, W. / Wang, Y.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cas12i2
B: RNA (56-mer)
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*T)-3')
C: DNA (35-MER)
E: trans ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9507
ポリマ－155,8645
非ポリマー862
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19830 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area56780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.256, 123.025, 280.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 DCE

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3899.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10738.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 trans ssDNA


分子量: 1762.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cas12i2


分子量: 121411.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: RNA鎖 RNA (56-mer)


分子量: 18051.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 394分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細(1) Chain A contains the expression tag SER (0). (2) The author does not know the exact sequence of ...(1) Chain A contains the expression tag SER (0). (2) The author does not know the exact sequence of chain E. This short DNA chain is the substrate of Cas12i2 which is a DNA nuclease and it is bound in the catalytic pocket of the protein. The author built the model manually based on the Fo-Fc map and then refined the model. Due to the limited resolution, the author couldn't distinguish between DT and DC, DA and DG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 55232 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.48 % / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.545 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2586 / CC1/2: 0.936 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.391 / Χ2: 0.707 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→46.74 Å / SU ML: 0.3055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.5125
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 2746 5.02 %
Rwork0.1976 52005 -
obs0.199 54751 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→46.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8327 2076 5 392 10800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007510819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.134215059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06881703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.92454258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.550.32791190.25412274X-RAY DIFFRACTION87.66
2.55-2.60.30561520.24572504X-RAY DIFFRACTION96.27
2.6-2.650.31751290.25092559X-RAY DIFFRACTION98.25
2.65-2.70.26271210.24622585X-RAY DIFFRACTION99.3
2.7-2.760.28941430.24452665X-RAY DIFFRACTION99.68
2.76-2.820.28441530.24882567X-RAY DIFFRACTION99.89
2.82-2.890.3011480.25162586X-RAY DIFFRACTION99.85
2.89-2.970.29851300.25012653X-RAY DIFFRACTION99.93
2.97-3.060.27751360.24392614X-RAY DIFFRACTION99.82
3.06-3.160.26761190.23192620X-RAY DIFFRACTION99.46
3.16-3.270.26071380.21872603X-RAY DIFFRACTION99.35
3.27-3.40.21871240.2052645X-RAY DIFFRACTION99.18
3.4-3.560.19331360.20252619X-RAY DIFFRACTION99.39
3.56-3.740.20481420.19892621X-RAY DIFFRACTION99.6
3.74-3.980.22151550.17322597X-RAY DIFFRACTION99.06
3.98-4.290.17891420.16792638X-RAY DIFFRACTION98.62
4.29-4.720.20271250.15192572X-RAY DIFFRACTION96.6
4.72-5.40.1741300.15682617X-RAY DIFFRACTION97.86
5.4-6.80.19091420.1812712X-RAY DIFFRACTION99.65
6.8-46.740.18071620.15652754X-RAY DIFFRACTION98.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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