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- PDB-6ltp: Crystal structure of Cas12i2 binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ltp
タイトルCrystal structure of Cas12i2 binary complex
要素
  • Cas12i2
  • crRNA (56-mer RNA)
キーワードHYDROLASE/RNA / CRISPR-Cas (CRISPR) / Cas12i2 / Cas12i2 binary complex / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Huang, X. / Sun, W. / Cheng, Z. / Chen, M. / Li, X. / Wang, J. / Sheng, G. / Gong, W. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725008 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for two metal-ion catalysis of DNA cleavage by Cas12i2.
著者: Huang, X. / Sun, W. / Cheng, Z. / Chen, M. / Li, X. / Wang, J. / Sheng, G. / Gong, W. / Wang, Y.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cas12i2
B: crRNA (56-mer RNA)
H: crRNA (56-mer RNA)
G: Cas12i2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,0424
ポリマ－279,0424
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18840 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area93830 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)146.309, 146.309, 144.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 173 or (resid 174...
d_2ens_1(chain "G" and (resid 1 through 61 or (resid 62...
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METGLNA2 - 227
d_12ens_1LYSGLUA229 - 230
d_13ens_1GLNSERA232 - 233
d_14ens_1ASNVALA235 - 240
d_15ens_1ALAGLNA242 - 332
d_16ens_1ASPASPA334
d_17ens_1TYRLYSA336 - 337
d_18ens_1GLNGLNA339 - 492
d_19ens_1GLYTRPA494 - 580
d_110ens_1ALALEUA582 - 737
d_111ens_1ALAGLYA739 - 920
d_21ens_1METTHRE2 - 175
d_22ens_1ASPGLNE178 - 229
d_23ens_1LYSGLUE231 - 232
d_24ens_1GLNSERE234 - 235
d_25ens_1ASNVALE237 - 242
d_26ens_1ALAGLNE244 - 334
d_27ens_1ASPASPE336
d_28ens_1TYRLYSE338 - 339
d_29ens_1GLNGLNE341 - 494
d_210ens_1GLYTRPE496 - 582
d_211ens_1ALALEUE584 - 739
d_212ens_1ALAGLYE742 - 923
d_11ens_2AAB
d_21ens_2AAC

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 Cas12i2


分子量: 121469.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: RNA鎖 crRNA (56-mer RNA)


分子量: 18051.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The chains A/G contain the expression tag SER (0).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.027 M HEPES pH 7.5, 4 % PEG20K, 0.146 M Na citrate, 0.073 M Tris pH 8.2, 13.87% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 41862 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 0.844 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2069 / CC1/2: 0.534 / Rpim(I) all: 0.323 / Rrim(I) all: 0.759 / Χ2: 0.797 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LTR

6ltr


解像度: 3.4→48.71 Å / SU ML: 0.3829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.2185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 2151 5.42 %
Rwork0.2074 37532 -
obs0.2086 39683 94.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14592 1778 0 12 16382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006416888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.152923255
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06592631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00792686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.39672988
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.700915608183
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.47725929289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.480.3171700.27081123X-RAY DIFFRACTION42.64
3.48-3.570.28311300.26282169X-RAY DIFFRACTION83.48
3.57-3.670.2881350.24422584X-RAY DIFFRACTION97.39
3.67-3.770.26661950.23762555X-RAY DIFFRACTION99.6
3.77-3.890.24891580.22132612X-RAY DIFFRACTION99.86
3.9-4.030.24951430.21822642X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.20.24031550.20642633X-RAY DIFFRACTION99.96
4.2-4.390.23931510.19842606X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.620.20171040.18732692X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.910.21131790.1842619X-RAY DIFFRACTION99.96
4.91-5.280.17111060.1832668X-RAY DIFFRACTION100
5.29-5.820.2071860.21072603X-RAY DIFFRACTION100
5.82-6.650.21731600.20892657X-RAY DIFFRACTION99.96
6.66-8.380.19141160.19742688X-RAY DIFFRACTION100
8.38-48.710.20351630.1822681X-RAY DIFFRACTION99.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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