PDB-6ltm: The dimeric structure of G80A/H81A/H82A myoglobin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ltm

タイトル

The dimeric structure of G80A/H81A/H82A myoglobin

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN BINDING / OXYGEN STORAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Nagao, S. / Suda, A. / Kobayashi, H. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP16K17935	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19K05695	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP26288080	日本

引用

ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2020
タイトル: Thermodynamic Control of Domain Swapping by Modulating the Helical Propensity in the Hinge Region of Myoglobin.
著者: Nagao, S. / Suda, A. / Kobayashi, H. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S.

履歴

登録	2020年1月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ltm.cif.gz	137 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ltm.ent.gz	106.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ltm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ltm_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ltm_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ltm_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	6ltm_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/6ltm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/6ltm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ls8C 6ltlC 3vm9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ltl-d 7dgm-d 7dgj-d 7dgl-d 7dgn-d 7dgo-d 5jp2-2 4unn-d 5lc3-d 1w2h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

B: Myoglobin

ヘテロ分子

35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.225, 62.841, 81.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 16863.400 Da / 分子数: 2 / 変異: G80A/H81A/H82A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Tris-HCl buffer, 0.1M sodium acetate, 12.5% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 34523 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 1682 / CC_1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VM9

3vm9

解像度: 1.65→49.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.779 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2305	1756	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19174	-	-	-
obs	0.19363	32712	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.351 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.65→49.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2380	0	86	133	2599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.933	2.048	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.916	3	5700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.846	5	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.276	25.294	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.995	15	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.012	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.019	1.09	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.019	1.089	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.479	1.632	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.479	1.633	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.862	1.337	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.857	1.337	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.925	1.899	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.913	9.401	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.901	9.225	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.653→1.696 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	128	-
R_work	0.241	2274	-
obs	-	-	94.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5704	-3.4111	2.8338	7.1448	-5.1222	6.9432	-0.063	-0.2179	-0.1263	0.4857	0.1639	0.2637	-0.19	-0.3165	-0.1009	0.0516	-0.0023	0.0299	0.0612	-0.0122	0.0431	-0.3019	-8.2978	3.7324
2	2.6568	0.9436	-0.6212	1.6642	-0.4449	2.4927	-0.0565	0.012	0.1162	0.023	0.061	-0.0179	-0.1514	-0.1514	-0.0045	0.0247	0.0035	-0.0123	0.0159	0.0031	0.0235	8.6331	1.4003	-11.9962
3	0.5805	-1.7937	0.6816	7.8137	-4.7285	7.4243	0.0455	0.1357	0.0695	-0.5033	-0.038	-0.0583	0.1413	0.078	-0.0075	0.0904	-0.0824	-0.0276	0.1322	0.0519	0.0215	8.8825	-1.8866	-23.2411
4	0.4956	0.1995	-0.1587	4.4269	-3.0349	3.6664	-0.0231	0.0175	0.0332	-0.0286	0.0357	-0.0158	-0.0732	-0.0319	-0.0127	0.0162	0.0039	-0.005	0.0611	-0.0087	0.0435	1.0913	-6.2368	-9.8584
5	1.6151	0.2962	0.7615	2.2403	0.7149	2.9341	0.0079	0.054	-0.0564	-0.0693	0.0192	-0.0558	0.0544	0.0375	-0.0271	0.0471	0.0041	0.0071	0.042	0.0047	0.0471	3.5379	-39.5495	7.4729
6	2.5131	1.0396	2.1352	2.1608	2.3506	5.6884	-0.055	0.0684	0.0369	-0.115	0.0386	-0.0662	-0.1646	0.2355	0.0164	0.0471	-0.006	0.0153	0.0345	0.0085	0.0214	7.4171	-34.3681	1.7054
7	0.6331	0.0285	-0.0469	1.0343	-0.6937	1.6028	-0.0212	0.0831	-0.0655	-0.013	0.0502	0.0005	0.0667	-0.0596	-0.0291	0.0363	0.0004	-0.0041	0.0187	-0.0154	0.019	-2.9876	-41.5602	0.9471
8	1.7969	0.7679	0.1286	5.0931	-1.6978	1.9245	0.0165	-0.1618	-0.091	0.2526	-0.022	0.117	0.1031	-0.0396	0.0055	0.073	-0.0065	0.0206	0.0162	0.0086	0.0137	-3.7931	-48.5896	17.4745
9	1.134	2.378	-2.3198	5.6816	-5.8224	6.0908	-0.0565	0.079	0.0115	-0.007	0.024	-0.0354	-0.0616	0.0349	0.0325	0.0508	-0.0248	0.0103	0.0361	0.0083	0.033	-2.1979	-29.1033	-0.2366
10	5.297	1.5267	1.7432	6.2154	0.015	4.1403	-0.0979	0.2343	-0.1039	-0.4231	0.1332	-0.3108	0.0444	0.1365	-0.0353	0.0738	-0.0046	0.0453	0.038	-0.0216	0.0385	10.9145	-14.8026	-16.6237
11	3.6751	-2.1405	-2.7743	3.8849	2.3387	4.5195	0.0095	-0.1348	0.1417	0.1624	0.0446	-0.069	-0.1274	0.0246	-0.0541	0.0253	0.002	-0.0006	0.0095	-0.0021	0.0229	8.4975	-1.5362	-3.1581
12	2.1626	-1.2314	-1.9804	4.7768	3.7276	6.3412	-0.0161	-0.0605	-0.0552	0.0947	0.0803	-0.217	0.0951	0.1267	-0.0642	0.035	-0.0115	-0.0273	0.0294	0.0189	0.0531	10.9253	-14.2166	-3.2646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	87 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	122 - 153
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	40 - 65
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	66 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	89 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	103 - 121
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	122 - 153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)