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- PDB-6lt9: The crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor SPRY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lt9
タイトルThe crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor SPRY1 domain
要素Ryanodine receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / diamondback moth / ryanodine receptor / SPRY1
機能・相同性
機能・相同性情報


ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / smooth endoplasmic reticulum / striated muscle contraction / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
SPRY domain / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr ...SPRY domain / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plutella xylostella (コナガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Zhou, Y. / Lin, L. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFD0201400 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFD0201403 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor SPRY1 domain
著者: Nayak, B. / Zhou, Y. / Salauddin, N. / Lin, L. / You, M. / You, S. / Yuchi, Z.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Ryanodine receptor 1
B: Ryanodine receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5178
ポリマ－43,1032
非ポリマー4146
水4,252236
1
F: Ryanodine receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6673
ポリマ－21,5521
非ポリマー1152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
2
B: Ryanodine receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8515
ポリマ－21,5521
非ポリマー2994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.893, 64.893, 95.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 1


分子量: 21551.535 Da / 分子数: 2 / 変異: R735A, E817P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plutella xylostella (コナガ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8EME3
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2M Ammonium, 0.2M sodium chloride, 0.1M sodium cacodylate, ph 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 36452 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.482 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 212691
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.832.30.36516550.7260.2770.4620.43590.6
1.83-1.862.70.37217590.7630.2660.4610.43496.6
1.86-1.93.10.38218190.7890.2550.4620.45398.8
1.9-1.943.80.33817900.8710.20.3950.45499.9
1.94-1.984.60.33318410.9060.1740.3770.45899.9
1.98-2.035.90.30918330.9680.1380.3390.462100
2.03-2.086.40.29218260.9750.1250.3180.465100
2.08-2.136.60.25118230.9830.1060.2720.477100
2.13-2.26.60.24718350.9830.1040.2690.472100
2.2-2.276.50.2218360.9870.0940.2390.485100
2.27-2.356.30.20318270.9870.0880.2220.474100
2.35-2.446.90.19718260.9910.080.2130.473100
2.44-2.5570.17818540.9920.0720.1920.476100
2.55-2.696.80.15618390.9930.0640.1690.46100
2.69-2.866.40.12918090.9940.0550.140.487100
2.86-3.0870.10118520.9960.0410.1090.479100
3.08-3.3970.07718520.9970.0310.0830.508100
3.39-3.886.60.05918310.9980.0250.0640.496100
3.88-4.887.10.04918480.9980.020.0530.522100
4.88-506.50.05218970.9980.0220.0570.555100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3247精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C33

5c33


解像度: 1.801→23.942 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 1824 5.64 %
Rwork0.1865 --
obs0.1883 32332 88.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 48.31 Å2 / Biso mean: 18.6917 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.801→23.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 58 236 3018
Biso mean--25.34 24.62 -
残基数----362
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.801-1.84920.28231120.2206194173
1.8492-1.90360.25851280.211211880
1.9036-1.9650.21441320.1919229586
1.965-2.03520.24951380.1808231287
2.0352-2.11660.19141330.1756233488
2.1166-2.21290.22991420.1795237189
2.2129-2.32950.23761430.1898237289
2.3295-2.47530.26191450.1964238289
2.4753-2.66620.22361510.2007236890
2.6662-2.9340.22831460.1964249193
2.934-3.35760.20751520.1811249794
3.3576-4.22640.19821490.1708257296
4.2264-23.9420.18581530.1851245591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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