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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lt5 | ||||||
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タイトル | Lysozyme protected by alginate gel | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | HYDROLASE / Hydrogel Alginate gel | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomoike, F. / Morita, S. / Nagae, T. / Okada, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Post-crystallization protection of protein crystals 著者: Morita, S. / Itabashi, T. / Nagae, T. / Takeuchi, S. / Okada, T. / Tomoike, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 4.5 / 詳細: 50mM sodium acetate, 1.5M NaCl, pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→35.37 Å / Num. obs: 29447 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 11.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1401 / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1dpx 解像度: 1.32→30.84 Å / SU ML: 0.1206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5263 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.32→30.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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