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- PDB-6lsv: Crystal structure of JOX2 in complex with 2OG, Fe, and JA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lsv
タイトルCrystal structure of JOX2 in complex with 2OG, Fe, and JA
要素Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase At5g05600
キーワードPLANT PROTEIN / jasmonic acid / 2OG oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


jasmonic acid hydrolase / negative regulation of defense response to insect / regulation of defense response to fungus / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / cellular response to toxic substance / dioxygenase activity / defense response / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls ...: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Chem-JAA / Jasmonate-induced oxygenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Zhang, X. / Wang, D. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFD0300700 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2021
タイトル: Structure-guided analysis of Arabidopsis JASMONATE-INDUCED OXYGENASE (JOX) 2 reveals key residues for recognition of jasmonic acid substrate by plant JOXs.
著者: Zhang, X. / Wang, D. / Elberse, J. / Qi, L. / Shi, W. / Peng, Y.L. / Schuurink, R.C. / Van den Ackerveken, G. / Liu, J.
履歴
登録2020年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase At5g05600
B: Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase At5g05600
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0678
ポリマ－80,2422
非ポリマー8246
水2,342130
1
A: Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase At5g05600
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5334
ポリマ－40,1211
非ポリマー4123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
2
B: Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase At5g05600
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5334
ポリマ－40,1211
非ポリマー4123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.476, 74.416, 75.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase At5g05600


分子量: 40121.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g05600, MOP10.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9FFF6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9FFF6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-JAA / {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid / ジャスモン酸


分子量: 210.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 1.26M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 23124 / % possible obs: 98.96 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 2225 / CC1/2: 0.934 / Rpim(I) all: 0.193 / % possible all: 96.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.14rc2_3191: ???位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GP4

1gp4


解像度: 2.651→26.334 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1137 4.92 %
Rwork0.1951 21978 -
obs0.197 23115 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.81 Å2 / Biso mean: 33.0983 Å2 / Biso min: 15.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.651→26.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5442 0 52 130 5624
Biso mean--31.24 33.07 -
残基数----676
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.651-2.77120.29961560.2253263196
2.7712-2.91710.27911330.2185272699
2.9171-3.09960.22861230.2145277499
3.0996-3.33850.26281320.2082274099
3.3385-3.67370.21021430.18922754100
3.6737-4.20340.20841510.18322775100
4.2034-5.28880.21871460.16592786100
5.2888-26.3340.23881530.206279299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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