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- PDB-6ls6: Crystal Structure of YEATS domain of AF9 in complex with H3K9bz p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ls6
タイトルCrystal Structure of YEATS domain of AF9 in complex with H3K9bz peptide
要素
  • 2
  • Protein AF-9
キーワードTRANSCRIPTION / YEATS domain / histone Kbz modification
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation ...modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / Chromatin modifying enzymes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription elongation factor complex / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / chromosome / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / molecular adaptor activity / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 ...AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AF-9 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, H.T. / Ren, X.L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725014, 31871283, 31922016 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2016YFA0500700 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Histone benzoylation serves as an epigenetic mark for DPF and YEATS family proteins.
著者: Ren, X. / Zhou, Y. / Xue, Z. / Hao, N. / Li, Y. / Guo, X. / Wang, D. / Shi, X. / Li, H.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
B: Protein AF-9
C: 2
D: 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2734
ポリマ－35,2734
非ポリマー00
水55831
1
A: Protein AF-9
D: 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6362
ポリマ－17,6362
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
2
B: Protein AF-9
C: 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6362
ポリマ－17,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.258, 42.236, 90.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 16611.160 Da / 分子数: 2 / 断片: YEATS domain of AF9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド 2


分子量: 1025.160 Da / 分子数: 2 / 断片: histone H3 peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 % / Mosaicity: 0.706 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5??200 mM lithium sulfate, 25% w/v PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.196→50 Å / Num. obs: 16939 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1.352 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.243.30.4228080.9230.2490.4920.61594
2.24-2.283.40.4428380.920.2590.5150.66996.9
2.28-2.323.50.4188300.9190.2490.4890.62996.6
2.32-2.373.60.4238900.9280.2470.4920.66798.3
2.37-2.423.60.378150.9260.2180.4310.7398.3
2.42-2.483.50.3438390.9270.2060.4020.77296.7
2.48-2.543.40.3267860.940.2020.3870.77190.2
2.54-2.613.90.38680.9590.1710.3470.77398.6
2.61-2.693.80.2688720.9620.1530.310.95599.2
2.69-2.773.90.2438600.9730.1380.2810.94498.9
2.77-2.873.80.1858600.9840.1070.2151.22999.4
2.87-2.993.80.1658600.9840.0950.1911.23197.6
2.99-3.123.80.1858620.9830.1030.2121.32598.2
3.12-3.294.80.2488500.9830.1220.2781.37498
3.29-3.494.50.2028480.9830.1050.231.69797.1
3.49-3.764.30.1567810.9880.0830.1781.70788.5
3.76-4.144.70.1398690.990.0730.1581.83197.1
4.14-4.744.40.0958460.9940.0520.1092.28496.6
4.74-5.974.40.0928890.990.0510.1062.2998.3
5.97-504.50.0778680.9920.040.0882.82793.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc3_3206精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP

4tmp


解像度: 2.2→44.824 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 1238 7.34 %
Rwork0.2268 15636 -
obs0.2301 16874 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.97 Å2 / Biso mean: 55.5557 Å2 / Biso min: 25.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 0 0 31 2479
Biso mean---46.22 -
残基数----292
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.28350.35811410.3185165393
2.2835-2.38750.3861370.3168174297
2.3875-2.51330.39551150.296170794
2.5133-2.67080.36081390.2784175498
2.6708-2.8770.3231510.2789176599
2.877-3.16640.29741380.2456175097
3.1664-3.62440.27121380.2123171995
3.6244-4.56570.20741370.1815175295
4.5657-44.8240.22231420.1975179496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6386-0.2572-0.29320.1905-0.0190.319-0.1649-0.24110.15660.13130.2201-0.1772-0.4411-0.416-0.00030.51810.0634-0.02560.4095-0.01070.37272.53637.342928.2729
20.61360.4934-0.41810.4758-0.36060.3911-0.3917-0.2018-0.07920.97090.26370.0164-0.6328-0.1867-0.00050.61710.0512-0.00020.3104-0.00210.3266.7126-0.629642.8405
30.86050.2744-0.47251.31440.28440.78840.12450.0978-0.0194-0.124-0.11460.19160.2921-0.2551-00.34390.0067-0.01990.2669-0.0160.3544-1.3388-5.235235.4116
40.2763-0.0949-0.44481.00260.4050.7497-0.03870.42260.0764-0.0795-0.0214-0.0912-0.25780.1346-00.34970.05240.03630.31130.02350.35223.61393.59429.8079
50.152-0.18730.02430.24320.04220.6201-0.19470.2090.0463-0.04830.20970.08220.90590.27690.01210.633-0.02350.00790.6564-0.10710.48598.9752-20.6849-3.7423
60.92970.2167-0.31880.6024-0.52740.47690.18080.15970.22750.2158-0.1597-0.1832-0.07790.2611-0.03680.35520.1295-0.01450.5583-0.18230.442717.285-11.567814.4836
70.88280.4098-0.1390.66590.41250.4570.03280.23340.19-0.20910.3518-0.1241-0.47240.23880.00050.40970.03090.04060.5952-0.11590.390713.6981-7.34552.4846
80.22840.2957-0.16571.1499-0.00540.2361-0.09830.0455-0.0842-0.23950.0492-0.06710.4804-0.74070.00160.62370.0767-0.0890.5368-0.09440.43517.5022-12.24934.2378
90.0016-0.00790.03020.0045-0.0170.0542-0.39840.1617-0.1715-0.01810.3509-0.02610.5814-0.56720.00010.8003-0.10830.00410.6594-0.09850.47416.2517-20.1790.0993
100.1501-0.0586-0.09280.232-0.04530.0862-0.05680.5903-0.26-1.01570.5427-0.20580.71190.47110.00180.6872-0.1271-0.00970.7101-0.17630.49412.0347-19.1763-18.4964
110.2037-0.01670.08710.2428-0.21730.2049-0.0492-0.2682-0.05820.11420.2493-0.0496-0.3186-0.60870.00150.62090.0756-0.05420.5001-0.03970.49124.3647-9.022219.6854
120.3115-0.0477-0.31741.0618-0.71380.8764-0.21790.16-0.05780.0944-0.1734-0.4189-0.17280.0367-0.46680.19110.0333-0.05290.4371-0.00570.641517.9505-12.137.0388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 22 )A4 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 50 )A23 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 99 )A51 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 100 through 141 )A100 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 22 )B4 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 23 through 44 )B23 - 44
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 45 through 92 )B45 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 93 through 116 )B93 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 117 through 128 )B117 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 129 through 141 )B129 - 141
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 10 )C3 - 10
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 3 through 10 )D3 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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