PDB-6ls3: cubic-shaped crystal of TmFtn mutant-T4FY stimulated by Mg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ls3

タイトル

cubic-shaped crystal of TmFtn mutant-T4FY stimulated by Mg

要素

Ferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Mg

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial non-heme ferritin / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.815 Å

データ登録者

Zhao, G. / Zhang, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: cubic-shaped crystal of TmFtn mutant-T4FY stimulated by Mg
著者: Zhao, G. / Zhang, X.

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ls3.cif.gz	274.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ls3.ent.gz	223.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ls3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ls3_validation.pdf.gz	488 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ls3_full_validation.pdf.gz	506.3 KB	表示
XML形式データ	6ls3_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	6ls3_validation.cif.gz	62.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/6ls3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/6ls3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vlgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1z4a-2 2jd7-2 2jd6-1 2jd6-2 2jd8-1 2jd8-2 2jd7-1 10205 30103 1krq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Ferritin

E: Ferritin

A: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

F: Ferritin

G: Ferritin

H: Ferritin

ヘテロ分子

156 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Ferritin

E: Ferritin

A: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

F: Ferritin

G: Ferritin

H: Ferritin

ヘテロ分子

B: Ferritin

E: Ferritin

A: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

F: Ferritin

G: Ferritin

H: Ferritin

ヘテロ分子

B: Ferritin

E: Ferritin

A: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

F: Ferritin

G: Ferritin

H: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
469 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.737, 171.737, 384.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Ferritin 分子量: 19407.887 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L2, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Potassium phosphate monobasic, Sodium phosphate dibasic pH 6.2, and 2500 mM Sodium chloride, 60 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.815→138.703 Å / Num. obs: 50424 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 76.05 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 4.64
反射シェル	解像度: 2.815→2.961 Å / Num. unique obs: 5252 / CC_1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VLG

1vlg

解像度: 2.815→138.703 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	2427	4.82 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1895	50348	94.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.8 Å² / B_iso mean: 67.876 Å² / B_iso min: 35.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.815→138.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10928	0	19	30	10977
B_iso mean	-	-	86.05	62.03	-
残基数	-	-	-	-	1310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.952	15028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1550
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.181	6684

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8153-2.8728	0.2943	132	0.2672	2943	100
2.8728-2.9353	0.3044	146	0.2566	2946	100
2.9353-3.0036	0.3037	146	0.243	2951	100
3.0036-3.0787	0.3197	161	0.2514	2918	100
3.0787-3.1619	0.3217	137	0.2469	2970	100
3.1619-3.255	0.317	164	0.2335	2913	100
3.255-3.3601	0.3135	157	0.2288	2959	100
3.3601-3.4802	0.2851	94	0.2266	1764	60
3.4802-3.6195	0.3017	141	0.2278	2962	100
3.6195-3.7842	0.2664	113	0.2112	2293	77
3.7842-3.9838	0.2722	118	0.2029	2264	77
3.9838-4.2334	0.2265	155	0.1699	2968	100
4.2334-4.5603	0.1998	144	0.159	2981	100
4.5603-5.0192	0.1967	156	0.1551	2990	100
5.0192-5.7455	0.2412	150	0.1771	3009	100
5.7455-7.2387	0.2562	157	0.1887	3009	100
7.2387-138.7	0.1858	156	0.146	3081	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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