PDB-6ls1: Ribonuclease from Hericium erinaceus active and GMP binding form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ls1

タイトル

Ribonuclease from Hericium erinaceus active and GMP binding form

要素

Ribonuclease T1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA Binding Endoribonuclease Activity Ribonuclease Activity

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hericium erinaceus (ヤマブシタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Takebe, K. / Suzuki, M. / Sangawa, T. / Kobayashi, H. / Itagaki, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ribonuclease from Hericium erinaceus active and GMP binding form
著者: Takebe, K. / Suzuki, M. / Sangawa, T. / Kobayashi, H.

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ls1.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ls1.ent.gz	76 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ls1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ls1_validation.pdf.gz	796.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ls1_full_validation.pdf.gz	797.4 KB	表示
XML形式データ	6ls1_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	6ls1_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/6ls1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/6ls1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gy6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2aad-2 1i0x-3 1fus-d 5bir-1 1rn1-3 3urp-d 2ww7-1 1fys-d 3hoh-2 1i3i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribonuclease T1

B: Ribonuclease T1

ヘテロ分子

21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease T1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease T1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.760, 97.760, 68.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 7...
2	1	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLY	GLY	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 7...	A	A	2 - 4	2 - 4
1	2	CYS	CYS	ARG	ARG	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 7...	A	A	7 - 10	7 - 10
1	3	TYR	TYR	SER	SER	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 7...	A	A	12 - 13	12 - 13
1	4	GLN	GLN	PHE	PHE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 7...	A	A	1 - 100	1 - 100
1	5	GLY	GLY	CYS	CYS	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 7...	A	A	94 - 98	94 - 98
1	6	GLY	GLY	CYS	CYS	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 7...	A	A	94 - 98	94 - 98
1	7	PHE	PHE	PHE	PHE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 7...	A	A	100	100
2	1	SER	SER	GLY	GLY	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...	B	B	2 - 4	2 - 4
2	2	CYS	CYS	ARG	ARG	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...	B	B	7 - 10	7 - 10
2	3	TYR	TYR	SER	SER	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...	B	B	12 - 13	12 - 13
2	4	SER	SER	GLY	GLY	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...	B	B	15 - 26	15 - 26
2	5	GLN	GLN	PHE	PHE	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...	B	B	1 - 100	1 - 100
2	6	GLY	GLY	CYS	CYS	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...	B	B	94 - 98	94 - 98
2	7	GLY	GLY	CYS	CYS	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...	B	B	94 - 98	94 - 98
2	8	PHE	PHE	PHE	PHE	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 7...	B	B	100	100

#1: タンパク質	Ribonuclease T1 分子量: 10715.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hericium erinaceus (ヤマブシタケ) 遺伝子: RNHe1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1Q4V2
#2: 化合物	ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4M Magnesium sulfate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→48.88 Å / Num. obs: 23162 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / Num. unique obs: 23162 / CC_1/2: 0.999

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GY6

5gy6

解像度: 1.58→8.793 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1902	1129	4.91 %
R_work	0.1489	21864	-
obs	0.1509	22993	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.08 Å² / B_iso mean: 21.3684 Å² / B_iso min: 7.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.58→8.793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1499	0	32	207	1738
B_iso mean	-	-	19.62	33.05	-
残基数	-	-	-	-	200

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	506	X-RAY DIFFRACTION	6.079	TORSIONAL
1	2	B	506	X-RAY DIFFRACTION	6.079	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.58-1.6515	0.2285	143	0.1662	2677	2820
1.6515-1.7379	0.2078	135	0.1583	2693	2828
1.7379-1.8459	0.2006	137	0.1551	2712	2849
1.8459-1.9869	0.2214	137	0.1537	2704	2841
1.9869-2.184	0.1937	144	0.1489	2715	2859
2.184-2.4937	0.1834	147	0.1506	2738	2885
2.4937-3.1184	0.1906	145	0.1528	2751	2896
3.1184-8.7928	0.1725	141	0.1395	2874	3015

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8366	-0.5392	0.9934	3.1262	-0.4357	1.7029	-0.0161	0.0206	-0.0058	0.0515	0.13	0.0055	0.0512	0.0312	-0.1017	0.0606	-0.0078	0.0053	0.0873	-0.0146	0.0857	17.0035	-8.1819	-17.0519
2	2.3058	-0.7488	-0.1542	2.928	-0.0107	2.9093	-0.2419	-0.2189	-0.1376	0.4787	0.1535	-0.0706	-0.0473	0.1048	0.0508	0.2298	0.0381	0.002	0.0952	0.0045	0.0832	34.7806	-13.8287	2.851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 100)	A	1 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 100)	B	1 - 100

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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