PDB-6lrd: Structure of RecJ complexed with a 5'-P-dSpacer-modified ssDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lrd

タイトル

Structure of RecJ complexed with a 5'-P-dSpacer-modified ssDNA

要素

ASP-LEU-PRO-PHE
DNA (5'-D(P*(3DR)P*TP*TP*TP*TP*T)-3')
Single-stranded-DNA-specific exonuclease

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / nuclease / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-3' exonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.90133495575 Å

データ登録者

Cheng, K. / Hua, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Participation of RecJ in the base excision repair pathway of Deinococcus radiodurans.
著者: Cheng, K. / Xu, Y. / Chen, X. / Lu, H. / He, Y. / Wang, L. / Hua, Y.

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lrd.cif.gz	199.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lrd.ent.gz	124.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lrd_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lrd_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6lrd_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	6lrd_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f56S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gaw-d 3ben-d 5f54-d 4hgg-d 6f8c-d 6f85-d 6gjq-1 5wqa-d 2dc0-d 5f56-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Single-stranded-DNA-specific exonuclease

C: DNA (5'-D(P*(3DR)P*TP*TP*TP*TP*T)-3')

B: ASP-LEU-PRO-PHE

ヘテロ分子

78.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.140, 106.140, 164.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

-
タンパク質 / DNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 ACB

#1: タンパク質	Single-stranded-DNA-specific exonuclease 分子量: 76031.539 Da / 分子数: 1 / 変異: H160A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: recJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0EM60
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(P(3DR)PTPTPTPTPT)-3') 分子量: 1656.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド	ASP-LEU-PRO-PHE 分子量: 490.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 457分子

#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, MnCl2, Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 83333 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 35.4640529398 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / R_merge(I) obs: 0.599

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5f56

5f56

解像度: 1.90133495575→29.3506116493 Å / SU ML: 0.223697505373 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.3378883985 / 位相誤差: 24.9139955613

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233801995079	4131	4.95721982888 %
R_work	0.208480144714	-	-
obs	0.209731808078	83333	98.2909108065 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.1754609173 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.90133495575→29.3506116493 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5313	112	22	451	5898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00729493456742	5604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.946871931434	7684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0498713247204	869
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00579663738768	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4395590416	3356

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9014-1.9229	0.357494361891	120	0.340565020691	2530	X-RAY DIFFRACTION	94.4404846757
1.9229-1.9456	0.328428604786	159	0.311570061547	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.2774566474
1.9456-1.9693	0.317810120252	135	0.297426964117	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.4642857143
1.9693-1.9942	0.319128049534	138	0.283722718406	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.6783416726
1.9942-2.0204	0.28300565374	163	0.276258513847	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.4330262225
2.0204-2.0481	0.268669345792	148	0.260975675645	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.3845039826
2.0481-2.0774	0.309865387655	160	0.257629014529	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.6782266714
2.0774-2.1084	0.304947815933	159	0.250117452261	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.6456413891
2.1084-2.1413	0.273561164163	134	0.251284958874	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.7480201584
2.1413-2.1764	0.280535083928	153	0.236310095867	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.7138769671
2.1764-2.2139	0.272626305705	144	0.236652232404	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.7523876901
2.2139-2.2541	0.308405783156	138	0.224982183169	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.8209169054
2.2541-2.2975	0.24621708667	128	0.222682436852	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.7860199715
2.2975-2.3444	0.225937604864	125	0.21998023051	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.9277717588
2.3444-2.3953	0.252509921027	133	0.212494941105	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.8236953456
2.3953-2.451	0.241084494819	136	0.218096026638	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.8582063098
2.451-2.5123	0.260227340232	106	0.222342867603	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.8221906117
2.5123-2.5802	0.252638314829	132	0.221221033231	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.8929336188
2.5802-2.656	0.241642356375	126	0.21981717656	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.8592540464
2.656-2.7417	0.241584135147	149	0.226165784321	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.7854077253
2.7417-2.8396	0.276225953614	158	0.218713005356	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.6467679265
2.8396-2.9532	0.207205420552	140	0.205756464546	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.716713881
2.9532-3.0875	0.263944645362	123	0.22055115966	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.5058242146
3.0875-3.2501	0.259475180481	126	0.215736524107	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.6482588815
3.2501-3.4534	0.235745801028	147	0.198914373509	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.4330262225
3.4534-3.7195	0.217968359388	146	0.187738504455	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.1270949721
3.7195-4.093	0.193730231246	141	0.172758653785	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.4652947332
4.093-4.6832	0.175786319305	138	0.162257071414	2659	X-RAY DIFFRACTION	97.1180555556
4.6832-5.8924	0.19809583638	134	0.190376422482	2688	X-RAY DIFFRACTION	96.4456596036
5.8924-29.3500979	0.239144095266	92	0.217653435339	2129	X-RAY DIFFRACTION	73.1554677207

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