PDB-6lrc: Human cGAS catalytic domain bound with the inhibitor PF-06928215

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lrc

タイトル

Human cGAS catalytic domain bound with the inhibitor PF-06928215

要素

Cyclic GMP-AMP synthase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / cGAS / Inhibitor / Complex structure

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of T cell activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.831 Å

データ登録者

Zhao, W.F. / Xu, Y.C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2020
タイトル: In Silico Screening-Based Discovery of Novel Inhibitors of Human Cyclic GMP-AMP Synthase: A Cross-Validation Study of Molecular Docking and Experimental Testing.
著者: Zhao, W. / Xiong, M. / Yuan, X. / Li, M. / Sun, H. / Xu, Y.

履歴

登録	2020年1月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lrc.cif.gz	306.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lrc.ent.gz	244.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lrc_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lrc_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6lrc_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	6lrc_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lreC 6lriC 6lrjC 6lrkC 6lrlC 4levS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lrj-d 5vds-d 6lrl-d 6lrk-d 6pop-1 6nfg-d 2ip4-d 5vdw-d 4f3x-2 6lri-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Cyclic GMP-AMP synthase

A: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.004, 45.652, 85.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.560, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 42759.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物	ChemComp-KHM / (1R,2S)-2-[(7-hydroxy-5-phenylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonyl)amino]cyclohexane-1-carboxylic acid 分子量: 380.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18-20% V/V PEG 3350, 0.2M AMMONIUM CITRATE (PH 7)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 71799 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.944 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 456405

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.78-1.81	5.1	1.181	3555	0.582	0.572	1.317	0.892	100
1.81-1.84	5.6	1.119	3585	0.643	0.511	1.234	0.901	100
1.84-1.88	6.3	1.011	3540	0.725	0.436	1.103	0.898	100
1.88-1.92	6.4	0.876	3586	0.776	0.371	0.953	0.926	100
1.92-1.96	6.5	0.741	3554	0.835	0.313	0.806	0.933	100
1.96-2	6.5	0.592	3543	0.877	0.249	0.643	0.959	100
2-2.05	6.4	0.494	3590	0.914	0.21	0.538	0.971	100
2.05-2.11	6.3	0.398	3559	0.931	0.171	0.434	1.014	100
2.11-2.17	6	0.324	3579	0.948	0.144	0.355	1.007	100
2.17-2.24	6.3	0.266	3564	0.966	0.115	0.29	1.052	100
2.24-2.32	6.8	0.242	3567	0.974	0.1	0.262	1.057	100
2.32-2.42	6.7	0.196	3586	0.981	0.081	0.212	1.043	100
2.42-2.53	6.7	0.167	3587	0.982	0.069	0.181	1.056	100
2.53-2.66	6.6	0.146	3566	0.983	0.062	0.159	1.025	100
2.66-2.83	6.2	0.12	3602	0.99	0.052	0.131	1.004	100
2.83-3.04	6.7	0.1	3618	0.991	0.042	0.109	0.966	100
3.04-3.35	6.9	0.082	3588	0.993	0.034	0.088	0.898	100
3.35-3.83	6.6	0.068	3616	0.994	0.029	0.073	0.831	100
3.83-4.83	6.4	0.06	3648	0.995	0.026	0.065	0.745	100
4.83-50	6.4	0.058	3766	0.995	0.025	0.064	0.694	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER	2.6.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LEV

4lev

解像度: 1.831→36.86 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	3202	4.87 %
R_work	0.1861	-	-
obs	0.1877	65729	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.24 Å² / B_iso mean: 25.0576 Å² / B_iso min: 9.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.831→36.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5600	0	58	344	6002
B_iso mean	-	-	21.95	30.64	-
残基数	-	-	-	-	701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5794
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.859	7800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	862
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	984
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.31	4919

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8311-1.8584	0.3136	112	0.2561	2333	87
1.8584-1.8875	0.3107	131	0.237	2625	97
1.8875-1.9184	0.2597	144	0.2233	2701	99
1.9184-1.9515	0.2795	130	0.2146	2711	100
1.9515-1.987	0.2422	139	0.1999	2749	100
1.987-2.0252	0.2339	132	0.1844	2682	100
2.0252-2.0665	0.2549	131	0.191	2755	100
2.0665-2.1115	0.2489	133	0.1829	2722	100
2.1115-2.1606	0.2057	111	0.1807	2775	100
2.1606-2.2146	0.2114	116	0.179	2694	100
2.2146-2.2745	0.2308	142	0.1785	2762	100
2.2745-2.3414	0.2184	133	0.1855	2723	100
2.3414-2.4169	0.2401	132	0.1859	2744	100
2.4169-2.5033	0.2179	154	0.187	2711	100
2.5033-2.6035	0.2214	139	0.1873	2736	100
2.6035-2.722	0.232	160	0.1873	2708	100
2.722-2.8654	0.2211	159	0.1957	2771	100
2.8654-3.0449	0.2379	153	0.1884	2728	100
3.0449-3.2798	0.217	152	0.19	2730	100
3.2798-3.6096	0.2229	146	0.1815	2731	100
3.6096-4.1314	0.2005	149	0.1676	2795	100
4.1314-5.2027	0.1761	137	0.163	2788	100
5.2027-36.86	0.1872	167	0.1954	2853	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 19.3808 Å / Origin y: -9.0803 Å / Origin z: 23.331 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1402 Å²	0.0089 Å²	-0.019 Å²	-	0.099 Å²	-0.0031 Å²	-	-	0.1423 Å²
L	0.3289 °²	-0.0966 °²	-0.1768 °²	-	0.2537 °²	0.1035 °²	-	-	0.2882 °²
S	0.0082 Å °	0.0402 Å °	0.0021 Å °	-0.0699 Å °	-0.0261 Å °	0.0856 Å °	-0.0177 Å °	-0.0402 Å °	0.0178 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	161 - 520
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	161 - 520
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 344
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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