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- PDB-6lqb: A third intermediate state of L,D-transpeptidase LdtMt2-ertapenem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lqb
タイトルA third intermediate state of L,D-transpeptidase LdtMt2-ertapenem adduct
要素L,D-transpeptidase 2
キーワードTRANSFERASE / YKUD DOMAIN / L / D-TRANSPEPTIDASE / BETA-LACTAM BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2RG / ACETIC ACID / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Li, D.F. / Qin, Y.L.
引用ジャーナル: Prog.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: A New State I-plus Observed for the L,D-transpeptidase LdtMt2-ertapenem Adduct
著者: Wang, X.Y. / Qin, Y.L. / Han, Q. / Gu, X.E. / Yan, Z. / Fu, K. / Li, D.F. / Deng, K.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase 2
B: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9449
ポリマ－58,5612
非ポリマー1,3837
水7,242402
1
A: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0345
ポリマ－29,2801
非ポリマー7544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
2
B: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9104
ポリマ－29,2801
非ポリマー6303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.181, 73.207, 103.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 142 through 155 or resid 157 through 405))
21(chain B and (resid 142 through 155 or resid 157 through 405))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTYRTYR(chain A and (resid 142 through 155 or resid 157 through 405))AA142 - 1553 - 16
12METMETASNASN(chain A and (resid 142 through 155 or resid 157 through 405))AA157 - 40518 - 266
21THRTHRTYRTYR(chain B and (resid 142 through 155 or resid 157 through 405))BB142 - 1553 - 16
22METMETASNASN(chain B and (resid 142 through 155 or resid 157 through 405))BB157 - 40518 - 266

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要素

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase 2 / LDT 2 / Ldt(Mt2)


分子量: 29280.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ldtB, lppS, Rv2518c, RVBD_2518c, P425_02624 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I6Y9J2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-2RG / (2S,3R,4S)-4-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-2-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form POST-ISOMERIZED


分子量: 477.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N3O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.97 Å / Num. obs: 57876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 760265
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.7313.30.983989129900.9160.2771.0193.199.9
9-44.9711.60.0353944650.9980.010.03254.299.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VYP

3vyp


解像度: 1.7→44.969 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 2003 3.47 %
Rwork0.1806 55791 -
obs0.1816 57794 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.75 Å2 / Biso mean: 27.1735 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→44.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4080 0 129 402 4611
Biso mean--42.54 36.14 -
残基数----531
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1586X-RAY DIFFRACTION4.802TORSIONAL
12B1586X-RAY DIFFRACTION4.802TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.7-1.74250.32521430.26133907
1.7425-1.78960.25031440.24043946
1.7896-1.84230.27311440.2143923
1.8423-1.90180.23381420.19113923
1.9018-1.96970.2411290.183951
1.9697-2.04860.21031560.17683943
2.0486-2.14180.2081390.17313964
2.1418-2.25470.20121360.17423964
2.2547-2.3960.2081480.18073959
2.396-2.5810.21311430.17843988
2.581-2.84070.23051460.18094000
2.8407-3.25160.19281410.17034026
3.2516-4.09630.18991440.16434068
4.0963-44.9690.18941480.18234229
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6417-0.21410.07671.8004-0.11280.5020.0346-0.0647-0.08380.1049-0.05320.02750.06030.00950.01940.1578-0.01680.00650.18940.0030.1434-39.8971-13.1262-13.886
20.0596-0.4871-0.34271.7090.90861.4864-0.0195-0.26310.28480.59430.4622-0.61610.30370.4632-0.26030.29660.0507-0.06750.3352-0.14660.3309-37.77166.3708-0.2607
30.6601-0.4527-0.06681.30120.30660.73610.015-0.0320.02780.0656-0.0158-0.064-0.0271-0.01530.00090.1508-0.01710.00360.1619-0.01020.1635-40.12133.4362-13.8118
41.1540.01530.19791.9096-0.66431.27480.3156-0.1671-0.73690.369-0.15060.17360.56680.2112-0.14560.5406-0.0357-0.0940.38140.10630.4046-9.2039-24.457-6.0681
50.6666-0.0373-0.49831.1774-0.48361.28890.26190.131-0.2401-0.3151-0.22020.07640.72770.3778-0.01690.33620.1015-0.030.21280.00150.1938-4.6804-17.7228-15.942
62.2234-0.95110.61852.5641-0.96061.44150.32110.1872-0.2665-0.2545-0.02120.3480.4301-0.0499-0.28550.3402-0.016-0.04330.1902-0.01050.1959-14.0354-12.4907-22.5317
70.4856-0.77170.39152.2933-1.40981.05380.2835-0.4329-0.5770.11210.2580.26271.3191-0.3501-0.2640.89290.0571-0.2180.22910.06230.4271-8.176-26.049-9.9059
80.735-0.3833-0.19021.1998-0.04560.9853-0.04280.09060.0487-0.04990.03030.0783-0.11190.0507-0.01120.1553-0.011-0.00420.17190.00880.1612-9.34210.893-19.0528
90.5510.0966-0.04510.78230.68251.94690.0245-0.15030.07030.23180.0046-0.08260.12610.012-0.00320.21220.00320.01470.18220.00440.1774-6.80474.0533-3.7117
102.6533-1.00041.49810.72180.06282.15030.0269-0.04980.21320.22380.0237-0.5373-0.16780.2249-0.01150.3646-0.0096-0.03160.3064-0.06190.4174-0.179612.97554.2091
110.86280.2408-0.07721.17080.18521.5018-0.0482-0.029-0.0330.05080.0349-0.0150.04450.09590.01360.14960.0223-0.00020.16450.00850.1331-6.54865.1258-13.4666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 141 through 289 )A141 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 290 through 323 )A290 - 323
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 324 through 407 )A324 - 407
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 142 through 164 )B142 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 165 through 212 )B165 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 213 through 226 )B213 - 226
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 227 through 249 )B227 - 249
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 250 through 289 )B250 - 289
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 290 through 308 )B290 - 308
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 309 through 323 )B309 - 323
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 324 through 405 )B324 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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