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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lq1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant from Mycobacteria smegmatis in complex with C8CoA | ||||||
![]() | Acyl-CoA dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() long-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / : / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, X. / Chen, X.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the broad substrate specificity of two acyl-CoA dehydrogenases FadE5 from mycobacteria. 著者: Chen, X. / Chen, J. / Yan, B. / Zhang, W. / Guddat, L.W. / Liu, X. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 443.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 366.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6kptC ![]() 6kriC ![]() 6ks9C ![]() 6ksaC ![]() 6ksbC ![]() 6kseC ![]() 6lpyC ![]() 6lq0C ![]() 6lq2C ![]() 6lq3C ![]() 6lq4C ![]() 6lq5C ![]() 6lq6C ![]() 6lq7C ![]() 6lq8C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66543.203 Da / 分子数: 2 / 変異: E447A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fadE5, ERS451418_00380 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0D6G5A8, UniProt: Q3L887*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes sodium (pH 7.0), 2% v/v PEG 400, 2 M (NH4)2SO4, 1 mM FAD and 1.2 mM C18CoA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→19.668 Å / Num. obs: 37912 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.02 % / Biso Wilson estimate: 18.818 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 16.27 / Num. measured all: 493628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.79 Å2 / Biso mean: 22.2655 Å2 / Biso min: 7.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→19.668 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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