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- PDB-6lp9: the protein of cat virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lp9
タイトルthe protein of cat virus
要素nsp1 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Cat virus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNA exonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / DNA helicase activity / viral genome replication / methyltransferase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity ...: / RNA exonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / DNA helicase activity / viral genome replication / methyltransferase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / endonuclease activity / methylation / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / membrane => GO:0016020 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / : / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain ...Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / : / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / : / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab / 3C-like proteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Feline infectious peritonitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Shen, Z. / Peng, G.Q.
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Structural and Biological Basis of Alphacoronavirus nsp1 Associated with Host Proliferation and Immune Evasion.
著者: Shen, Z. / Yang, Y. / Yang, S. / Zhang, G. / Xiao, S. / Fu, Z.F. / Peng, G.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: nsp1 protein
A: nsp1 protein
C: nsp1 protein
D: nsp1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0424
ポリマ－54,0424
非ポリマー00
水9,188510
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)124.415, 86.297, 87.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
nsp1 protein


分子量: 13510.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline infectious peritonitis virus (ウイルス)
遺伝子: 1b, ORF1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V9PIT5, UniProt: Q98VG9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, ammonium citrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: FXE / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 63396 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 434674
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.866.70.40261840.9170.1660.4350.49397.1
1.86-1.9470.36363640.9470.1460.3910.65298.4
1.94-2.036.90.26563290.9650.1070.2860.57998.5
2.03-2.136.70.23663700.9730.0970.2550.71498.5
2.13-2.276.60.19362470.9410.080.2090.77597.1
2.27-2.4470.14363520.9860.0580.1550.76898.9
2.44-2.696.90.1364150.9860.0530.140.8499.1
2.69-3.086.80.10462920.990.0420.1130.897.4
3.08-3.8870.09764520.990.0390.1051.17899.5
3.88-506.90.09863910.9670.0410.1071.07197

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IVC

6ivc


解像度: 1.803→29.523 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2066 2003 3.16 %
Rwork0.1865 --
obs0.1871 63361 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.85 Å2 / Biso mean: 25.762 Å2 / Biso min: 13.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.803→29.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3360 0 0 510 3870
Biso mean---34.31 -
残基数----416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8033-1.84840.24151250.1973415293
1.8484-1.89840.23911540.1967438198
1.8984-1.95420.25131400.1862435698
1.9542-2.01730.19671350.1886441798
2.0173-2.08940.20351540.1857438899
2.0894-2.1730.22471480.1877435098
2.173-2.27190.221380.1943436497
2.2719-2.39160.23031420.19442699
2.3916-2.54140.21161360.1966441899
2.5414-2.73740.21761520.1989443799
2.7374-3.01270.19991430.1917432697
3.0127-3.44810.20711440.19034498100
3.4481-4.3420.17631420.1715435397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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