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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lof | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ZsYellow soaked by Cu2+ | ||||||
![]() | (GFP-like fluorescent chromoprotein FP538) x 2 | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / ZsYellow / yellow | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nam, K.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Spectroscopic and Structural Analysis of Cu 2+ -Induced Fluorescence Quenching of ZsYellow. 著者: Kim, I.J. / Xu, Y. / Nam, K.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5y8qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7403.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 19030.844 Da / 分子数: 2 / Mutation: M129V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | Originally it is a fluorescent protein composed of one polypeptide (Chain C and A, Chain D and B in ...Originally it is a fluorescent protein composed of one polypeptide (Chain C and A, Chain D and B in one chain). Amino acids are broken during chromophore generation. | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | 配列の詳細 | Residue 65 is PHE. It is transformed into NFA during chromophore generation. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 % |
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結晶化 | 温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: imidazole,PEG 8000, calcium acetate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 13421 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.272 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 619 / Rpim(I) all: 0.272 / Rrim(I) all: 0.469 / % possible all: 90.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5Y8Q 解像度: 2.6→26.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 14.76 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.372 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.92 Å2 / Biso mean: 31.635 Å2 / Biso min: 4.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→26.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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