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- PDB-6lm1: The crystal structure of cyanorhodopsin (CyR) N4075R from cyanoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lm1
タイトルThe crystal structure of cyanorhodopsin (CyR) N4075R from cyanobacteria Tolypothrix sp. NIES-4075
要素Rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bacterial type rhodopsin RETINAL CELL-FREE SYNTHESIS / Cyanobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / DECANE / DODECANE / HEXANE / NITRATE ION / N-OCTANE / HEXADECANE / RETINAL / Rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Tolypothrix sp. NIES-4075 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: A unique clade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage.
著者: Hasegawa, M. / Hosaka, T. / Kojima, K. / Nishimura, Y. / Nakajima, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Sudo, Y. / Yoshizawa, S.
履歴
登録2019年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
B: Rhodopsin
C: Rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,92372
ポリマ－84,7543
非ポリマー9,16869
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.920, 129.666, 127.626
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Rhodopsin


分子量: 28251.426 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tolypothrix sp. NIES-4075 (バクテリア)
遺伝子: NIES4075_41530 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A218QMM7

-
非ポリマー , 10種, 258分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE


分子量: 86.175 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE


分子量: 114.229 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE


分子量: 142.282 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE


分子量: 170.335 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-R16 / HEXADECANE


分子量: 226.441 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE


分子量: 198.388 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H30 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1M sodium-acetate (pH5.0), 450mM Magnesium nitrate, 28% PEG 500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→49.7 Å / Num. obs: 129542 / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1396532 / Scaling rejects: 55
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible allNet I/σ(I) obs
1.45-1.481.90.3897414387650.0010.3773854.34510
7.95-49.713.50.0371442910700.9990.0110.03999.652

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C3W

1c3w


解像度: 1.9→45.479 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 1090 1.54 %
Rwork0.1653 69466 -
obs0.1658 70556 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.11 Å2 / Biso mean: 36.8638 Å2 / Biso min: 15.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→45.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5207 0 641 189 6037
Biso mean--52.24 50.17 -
残基数----678
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9-1.98650.21191350.1878605
1.9865-2.09120.17681340.15938607
2.0912-2.22220.18271360.14738618
2.2222-2.39380.15971360.13528626
2.3938-2.63470.17221360.13878660
2.6347-3.01590.16551350.14478675
3.0159-3.79940.20061370.17188720
3.7994-45.4790.25461410.18768955
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9593-1.03610.2152.82720.01652.06880.04330.0984-0.11490.0691-0.0156-0.0725-0.00110.0766-0.01640.16430.0156-0.00620.2233-0.03890.180380.025233.280259.8708
20.99870.12560.62081.6516-0.87171.60730.1058-0.19880.00160.0914-0.0850.058-0.08390.0239-0.00680.2142-0.0054-0.00840.18130.00340.180368.069436.204173.988
31.78760.67390.24722.72531.27071.23230.08250.03550.03330.0849-0.0285-0.0943-0.00950.0448-0.04520.20940.0226-0.03170.18020.00180.183666.666741.713462.1695
42.89250.51570.22014.3169-0.17293.6854-0.0798-0.17140.10410.19980.0011-0.0509-0.2347-0.90330.11490.1690.0319-0.00590.53930.01420.254162.096936.921392.9255
52.33530.81721.0692.11841.49043.37310.0851-0.2229-0.1323-0.05040.11840.03040.0625-0.3445-0.11680.2687-0.0221-0.00920.3750.05380.233469.832331.177789.6006
61.2688-0.3092-0.57011.12380.08281.57020.0809-0.01510.11080.1062-0.0897-0.0353-0.1548-0.0209-0.00160.22410.01080.00990.26490.02170.208884.329136.380894.3587
72.66770.85330.13932.2009-0.13693.21250.062-0.17740.1844-0.143-0.0390.134-0.3031-0.4122-0.01940.25730.06090.03180.3262-0.00790.175374.914342.4213101.4956
82.65030.78610.12042.1046-1.27422.785-0.0533-0.18110.0070.03710.00340.1092-0.0967-0.00030.08640.16370.02780.00130.25840.04330.1608100.344733.645887.4384
91.67110.46640.07981.30830.47030.68380.02580.07170.0079-0.1213-0.10750.0351-0.1089-0.12920.08210.18910.0146-0.01020.19930.01080.209493.859535.94670.019
101.8609-0.5816-0.21342.49380.12181.5139-0.0208-0.14860.0932-0.02330.02110.0929-0.18840.04310.01210.1873-0.01510.0050.19420.01370.2246104.785641.712274.4123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 71 )A0 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 144 )A72 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 145 through 227 )A145 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 35 )B0 - 35
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 36 through 71 )B36 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 72 through 144 )B72 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 145 through 227 )B145 - 227
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 0 through 71 )C0 - 71
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 72 through 144 )C72 - 144
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 145 through 227 )C145 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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