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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lm1 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of cyanorhodopsin (CyR) N4075R from cyanobacteria Tolypothrix sp. NIES-4075 | ||||||
![]() | Rhodopsin | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Bacterial type rhodopsin RETINAL CELL-FREE SYNTHESIS / Cyanobacteria | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A unique clade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage. 著者: Hasegawa, M. / Hosaka, T. / Kojima, K. / Nishimura, Y. / Nakajima, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Sudo, Y. / Yoshizawa, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 294.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 239 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 13.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 13.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 28251.426 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: NIES4075_41530 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 10種, 258分子 ![](data/chem/img/RET.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEX.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/R16.gif)
![](data/chem/img/C14.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEX.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/R16.gif)
![](data/chem/img/C14.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HEX / #5: 化合物 | ChemComp-OCT / #6: 化合物 | ChemComp-D10 / #7: 化合物 | ChemComp-D12 / #8: 化合物 | ChemComp-R16 / #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 0.1M sodium-acetate (pH5.0), 450mM Magnesium nitrate, 28% PEG 500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→49.7 Å / Num. obs: 129542 / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1396532 / Scaling rejects: 55 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1C3W 解像度: 1.9→45.479 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.11 Å2 / Biso mean: 36.8638 Å2 / Biso min: 15.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→45.479 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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