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万見
- PDB-6lkb: Crystal Structure of the peptidylprolyl isomerase domain of Arabi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lkb
タイトルCrystal Structure of the peptidylprolyl isomerase domain of Arabidopsis thaliana CYP71.
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP71
キーワードISOMERASE / PPIASE / CYP71 / cyclophilin / chromatin remodelling
機能・相同性
機能・相同性情報


carpel development / sepal formation / meristem structural organization / leaf formation / leaf shaping / regulation of root meristem growth / leaf vascular tissue pattern formation / regulation of flower development / stamen development / negative regulation of gene expression, epigenetic ...carpel development / sepal formation / meristem structural organization / leaf formation / leaf shaping / regulation of root meristem growth / leaf vascular tissue pattern formation / regulation of flower development / stamen development / negative regulation of gene expression, epigenetic / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP71
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Lakhanpal, S. / Jobichen, C. / Swaminathan, K.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional analyses of the PPIase domain of Arabidopsis thaliana CYP71 reveal its catalytic activity toward histone H3.
著者: Lakhanpal, S. / Fan, J.S. / Luan, S. / Swaminathan, K.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP71
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8549
ポリマ－36,2992
非ポリマー5557
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.954, 60.928, 127.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP71 / PPIase CYP71 / Cyclophilin of 71 kDa / Cyclophilin-71


分子量: 18149.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CYP71, At3g44600, F14L2.150 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8W4D0, peptidylprolyl isomerase

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非ポリマー , 5種, 321分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES (pH 6.5), 1.5M ammonium sulphate, 0.02M cobalt chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30.48 Å / Num. obs: 57328 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.41 Å2 / CC1/2: 0.85 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Num. unique obs: 3778 / CC1/2: 0.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2a2n

2a2n


解像度: 1.651→30.477 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 2005 3.5 %
Rwork0.189 55233 -
obs0.1899 57238 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.61 Å2 / Biso mean: 24.4805 Å2 / Biso min: 13.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.651→30.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 32 314 2888
Biso mean--44.18 34.49 -
残基数----320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.651-1.6920.30291330.3063364593
1.692-1.73780.29981420.2802388999
1.7378-1.78890.28811430.24283911100
1.7889-1.84660.25151430.2313911100
1.8466-1.91260.2671440.22193900100
1.9126-1.98920.19741370.19983916100
1.9892-2.07970.23421420.18573928100
2.0797-2.18930.21091440.18083966100
2.1893-2.32640.2491400.1823964100
2.3264-2.5060.20661440.18583936100
2.506-2.7580.20151440.18413995100
2.758-3.15670.19561470.18344000100
3.1567-3.97580.16811500.16224051100
3.9758-30.470.21541520.18214221100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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