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万見
- PDB-6lk5: MLKL mutant - T357ES358D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lk5
タイトルMLKL mutant - T357ES358D
要素Mixed lineage kinase domain-like protein
キーワードTRANSFERASE / Protein Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / : / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, H.Y. / Li, S. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31571427 中国
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2021
タイトル: The MLKL kinase-like domain dimerization is an indispensable step of mammalian MLKL activation in necroptosis signaling.
著者: Zhang, Y. / Liu, J. / Yu, D. / Zhu, X. / Liu, X. / Liao, J. / Li, S. / Wang, H.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6211
ポリマ－54,6211
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.739, 74.848, 127.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 54621.082 Da / 分子数: 1 / 変異: T357E, S358D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB16
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5%(v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M HEPES(pH7.5), 10%(w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 12272 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 2.473 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 294032
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0311.91.15511420.9060.3431.2061.338100
2.03-2.0712.10.98111470.9360.2891.0231.429100
2.07-2.1112.20.79711150.9590.2350.8321.481100
2.11-2.1512.30.76111500.9610.2230.7941.595100
2.15-2.212.40.71211420.9660.2080.7421.611100
2.2-2.2512.40.61811350.9750.180.6441.706100
2.25-2.3112.60.54411330.9830.1580.5671.838100
2.31-2.3712.60.44611320.9870.1290.4641.921100
2.37-2.4412.90.4711670.9920.1340.4892.093100
2.44-2.5213.20.52111120.9920.1470.5422.1100
2.52-2.6113.60.54211590.9940.1510.5632.165100
2.61-2.7113.80.55911520.9950.1550.582.327100
2.71-2.84140.47111490.9970.130.4882.523100
2.84-2.9913.80.37211480.9960.1030.3872.79100
2.99-3.1713.40.26611550.9970.0750.2763.238100
3.17-3.4212.80.18711680.9970.0540.1953.669100
3.42-3.7612.30.13411590.9970.040.144.016100
3.76-4.3111.90.10211780.9970.0320.1074.204100
4.31-5.4312.20.07811780.9970.0240.0813.703100
5.43-5012.50.06212530.9970.0190.0653.41399.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SCALEPACKデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M67

4m67


解像度: 2.5→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.303 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 640 5.2 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1963 11569 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.9 Å2 / Biso mean: 52.731 Å2 / Biso min: 32.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å2-0 Å20 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 0 46 2184
Biso mean---50.5 -
残基数----265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0132177
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.6472930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1261.5784918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3825263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.44321.739115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08915422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.471517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02449
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 39 -
Rwork0.246 847 -
all-886 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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