ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB HKL-2000データ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show PHASER位相決定 Show REFMAC5.8.0222精密化 Show PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 Show
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 5XP6解像度 : 0.98→27.93 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.983 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.979 / SU B : 0.557 / SU ML : 0.013 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.02 / ESU R Free : 0.021 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1443 5472 4.9 % RANDOM Rwork 0.1251 - - - obs 0.1261 106562 94.83 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 58.09 Å2 / Biso mean : 20.823 Å2 / Biso min : 12.97 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.26 Å2 0 Å2 -0.57 Å2 2- - -0.9 Å2 0 Å2 3- - - 0.76 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 0.98→27.93 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1701 0 17 375 2093 Biso mean - - 19.8 34.49 - 残基数 - - - - 229
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.008 0.015 1825 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.017 1642 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.445 1.766 2491 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.405 1.762 3848 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.797 5 246 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg29.888 22.346 81 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg12.464 15 275 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.415 15 9 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.171 0.2 245 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.021 2107 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.009 0.02 340 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.666 3 3467 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free22.242 5 237 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded7.952 5 3565
LS精密化 シェル 解像度 : 0.98→1.005 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.35 265 - Rwork 0.35 5230 - all - 5495 - obs - - 62.78 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.1299 0.2565 -0.334 3.2202 0.2554 1.0431 0.0208 -0.0939 0.0896 0.1134 -0.019 0.1523 -0.0304 0.0021 -0.0018 0.0617 -0.0131 0.0287 0.1169 -0.0139 0.0416 14.9605 5.4967 20.2804 2 0.4186 -0.0145 -0.1869 0.9218 0.103 0.7456 0.0025 -0.0181 -0.014 -0.0238 -0.0419 0.0284 0.0087 -0.0124 0.0393 0.0326 0.0028 0.02 0.0805 -0.0016 0.0294 16.928 -1.9565 7.685 3 2.0108 -0.4018 -0.5458 0.6748 0.4421 0.7492 0.0676 0.2823 0.0441 -0.0644 -0.0468 0.1271 -0.1181 -0.1675 -0.0208 0.019 0.0221 0.0055 0.1328 0.0042 0.0575 0.5918 4.1535 4.3271
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A42 - 70 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A71 - 216 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A217 - 270