PDB-6li4: Crystal structure of MCR-1-S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6li4

タイトル

Crystal structure of MCR-1-S

要素

Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

キーワード

TRANSFERASE / MCR-1 Zn(II) / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Zhang, Q. / Wang, M. / Sun, H.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Resensitizing carbapenem- and colistin-resistant bacteria to antibiotics using auranofin.
著者: Sun, H. / Zhang, Q. / Wang, R. / Wang, H. / Wong, Y.T. / Wang, M. / Hao, Q. / Yan, A. / Kao, R.Y. / Ho, P.L. / Li, H.

履歴

登録	2019年12月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6li4.ent.gz	216 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6li4_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6li4_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6li4_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	6li4_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6li4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6li4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6lheC 6li5C 6li6C 5govS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6li6-2 6li5-1 7cgd-4 2d7u-d 7cgd-3 5lrn-1 4fiz-d 5mx9-d 3bo5-d 3itd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

B: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

74.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.970, 84.180, 81.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.760, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1 / Polymyxin resistance protein MCR-1 分子量: 37231.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr1, mcr-1, APZ14_31440 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0R6L508, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100mM KSCN, 32% PEG 3350, 100mM Tris-HNO3, pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97917 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日 / 詳細: Null

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97917 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→42.09 Å / Num. obs: 59043 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 389264 / Scaling rejects: 100

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.78-1.83	6.9	0.761	29853	4319	0.917	0.31	0.823	1.8	97.4
7.96-42.09	6.1	0.067	4207	689	0.992	0.029	0.073	18	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.15	精密化
XDS	Build 20180808	データ削減
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GOV

5gov

解像度: 1.78→37.29 Å / SU ML: 0.2307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.4286
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2304	2852	4.86 %
R_work	0.1914	55884	-
obs	0.1933	58736	97.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→37.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5005	0	2	303	5310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	5119
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8307	6975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0521	780
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	916
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5833	1819

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.81	0.3402	126	0.3031	2774	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.81-1.84	0.3415	149	0.2876	2777	X-RAY DIFFRACTION	98.95
1.84-1.88	0.3252	130	0.269	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.14
1.88-1.92	0.3417	148	0.251	2757	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.92-1.96	0.3024	141	0.2484	2811	X-RAY DIFFRACTION	98.01
1.96-2	0.3058	134	0.2432	2784	X-RAY DIFFRACTION	98.45
2-2.05	0.321	144	0.2472	2828	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.05-2.11	0.2962	132	0.2355	2787	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.11-2.17	0.3302	168	0.2351	2780	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.17-2.24	0.2515	143	0.2231	2833	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.24-2.32	0.2899	146	0.2183	2756	X-RAY DIFFRACTION	97.48
2.32-2.42	0.2623	143	0.2179	2744	X-RAY DIFFRACTION	96.52
2.42-2.53	0.2507	136	0.2237	2628	X-RAY DIFFRACTION	92.78
2.53-2.66	0.2303	142	0.2166	2796	X-RAY DIFFRACTION	97.64
2.66-2.83	0.2834	151	0.2113	2822	X-RAY DIFFRACTION	98.71
2.83-3.04	0.2345	144	0.1963	2805	X-RAY DIFFRACTION	98.66
3.04-3.35	0.1876	152	0.181	2852	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.35-3.83	0.2255	148	0.1685	2800	X-RAY DIFFRACTION	98.17
3.83-4.83	0.1742	131	0.1414	2800	X-RAY DIFFRACTION	96.83
4.83-37.29	0.1669	144	0.1595	2890	X-RAY DIFFRACTION	98.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.737987631237	-0.699229404463	0.138166267797	1.16263860966	0.306212100019	1.41239950011	-0.0283774811292	0.105813425369	0.0293842542477	-0.202637940666	0.0305754959782	0.14392465942	-0.0987950376564	0.0377782716715	-0.0173880285742	0.270405539819	-0.0397988051427	-0.0476413372203	0.245870012759	0.00319123725172	0.248367750377	4.80130564756	1.44070194917	3.47095731982
2	1.05430621003	-0.360266156033	0.228572039949	1.16392178979	0.309333542459	1.87891125156	-0.120068651774	0.0457735950776	0.242779287862	-0.110772250027	0.0845459061989	-0.0715959484642	-0.498408147969	0.184988431092	0.0605600679974	0.34763634709	-0.0495349985808	-0.0398431609657	0.241555837256	-0.000975298493221	0.300895915042	8.56403541213	13.2043922344	10.251930335
3	2.93574260167	-1.66004702754	0.639698506671	1.96343384881	-0.664894011934	1.15209026566	-0.197642965867	-0.204664859675	0.35522912449	0.159882251477	0.195908667331	-0.0290200990453	0.0295580562838	-0.305029969154	-0.00673646137683	0.257578692068	0.0108096882086	-0.0115823233032	0.351156152632	-0.0125508252157	0.324722849436	3.91597123202	1.29151000034	22.9535629796
4	1.25799511656	-0.655661752437	0.835109616823	1.81297595736	-0.327805391902	1.49803532656	-0.119391936249	0.0144406867702	0.0231204487686	0.0695767240401	0.113079938755	0.0300636982661	-0.0414916934731	-0.0650179498059	0.0274851059888	0.225490750676	-0.0172279713935	0.00559694068547	0.257655923124	-0.0111203987912	0.200376607379	8.71312713409	-1.05249137731	15.6381694865
5	2.980191153	0.383509175192	-1.1005564255	2.28202222144	-0.354125718157	2.67474150579	-0.263906036994	-0.137880261334	-0.0266108273123	0.453596040729	0.381824825657	-0.424095103723	0.546553872205	0.504353787353	-0.0198701530522	0.474042022636	0.10849899876	-0.0906242716872	0.417391946937	-0.0375593016639	0.370686117464	22.9212096547	-15.9653192283	16.4839719064
6	0.706249250376	-0.185033622707	0.531745562867	1.15860319133	-0.0712407523528	1.60016653969	-0.0579183641028	-0.0126931790994	-0.0352523134218	-0.0528028168605	0.0714133199391	0.0871136137381	0.166707445642	-0.0224624081786	-0.0255505498154	0.25985076806	-0.032099540414	-0.0351852789491	0.262329341095	-0.0064871439385	0.260636858639	8.99299939672	-5.74276602353	9.7799608074
7	5.16863542814	0.488967923059	-0.577060658935	1.75412599188	-0.0990739220481	1.70981635185	-0.19471500788	0.289748194724	0.219148702608	-0.208062233459	0.116128081499	0.106698562024	0.0757473160683	-0.0904984940127	0.126519233562	0.285004779334	-0.0527549184628	-0.0442468406188	0.296688556074	-0.00349896886458	0.216258365705	7.83921150373	-2.87939751552	0.592705883114
8	1.34040355988	-0.694455984712	-0.262893545969	1.36731875505	0.427499874471	0.90818019283	-0.037338162463	0.192466007845	0.00298866318838	-0.243781729327	0.0177801310863	0.329467039944	-0.289206717591	-0.168687645697	-0.000453635218527	0.444976510631	-0.00807545103306	-0.11043723023	0.28566868288	0.0191348651041	0.292964031521	0.392253379711	5.51809368279	-5.27243424382
9	1.36827802786	0.0231664228725	-0.401655220884	0.317803154663	0.364288221426	0.528324061652	0.19928660372	-0.471193714818	-0.403873565115	0.187736166243	-0.308128279383	0.203165612208	0.220522684811	-0.524652302986	0.026090713072	0.344485654946	-0.204781526476	-0.00594711036915	0.651414243981	0.0502052841356	0.357715077151	-10.5060085047	15.9942184993	47.9344899221
10	1.11351641792	0.34944619897	0.272567400359	0.804898194288	-0.109354900438	1.07461167339	0.0878774251193	-0.11962360105	-0.0767304324671	-0.104833936063	0.00908947478215	0.0596764000231	0.079223489652	-0.13856396842	-0.0730396080409	0.232185738936	0.0116858337113	-0.0113234448086	0.329224484322	-0.0410485624727	0.232567494463	5.58042439981	24.6051115925	30.411914827
11	1.74464631149	-0.334870974295	0.0288332635795	1.45138100809	-0.0864907093183	1.45808099912	0.165493211862	-0.219496935687	0.157418464229	-0.0122333862729	-0.039155808969	0.280700771291	-0.146645391497	-0.705051005757	-0.055967704616	0.262822214618	-0.0116822236086	0.00884402126402	0.684621127319	-0.0390222931493	0.400591438343	-15.8042202276	25.5610739623	39.5953067861
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14	1.83082326665	0.178543172953	-0.609543787066	1.37559483176	0.441547873775	1.77562954442	-0.031935542555	0.0956679595484	0.379592771238	-0.388532397276	0.0558726853288	-0.0828135077414	-0.39235581507	0.289503654583	0.0356399167058	0.306821211416	-0.0447447603949	0.0200731441073	0.329607774602	0.0125564195827	0.307978251431	15.6782573729	40.2726355623	31.1807957194
15	1.28308868892	0.481765224138	0.394890703381	0.809718895908	0.288395754962	1.25349735689	0.128044452619	-0.0183054283727	-0.10341039514	0.0301589545819	-0.0545607183537	0.114231106033	0.106238456878	-0.0801797779495	-0.0425433807703	0.22387080589	-0.000330791248946	0.00400450920281	0.333611284034	-0.00241221921572	0.242874917683	3.85321150415	23.9077026034	33.8238654526
16	2.89806027432	0.577605667878	-0.112967815287	0.157677274871	-0.266844607674	1.60684024794	0.0103526283481	-0.147301599982	-0.453033448092	0.0409771952159	-0.140742224262	0.384510112297	0.514431969506	-0.70048205993	-0.0333861625557	0.41849798403	-0.135355604433	-0.016119288913	0.501814270866	-0.0102697680433	0.492303013072	-9.80428212491	11.7906197559	37.7178673026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 217 through 293 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 294 through 356 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 357 through 380 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 381 through 407 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 408 through 423 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 424 through 481 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 482 through 502 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 503 through 541 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 216 through 245 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 246 through 292 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 293 through 318 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 319 through 379 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 380 through 398 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 399 through 423 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 424 through 525 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 526 through 541 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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