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- PDB-6lhm: Structure of human PYCR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lhm
タイトルStructure of human PYCR2
要素Pyrroline-5-carboxylate reductase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / PYCR2 / carboxylate / P5CR / decamer / pentamer / Pyrroline-5-carboxylate reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrroline-5-carboxylate reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Baburajendran, N.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2020
タイトル: Loss of PYCR2 Causes Neurodegeneration by Increasing Cerebral Glycine Levels via SHMT2.
著者: Escande-Beillard, N. / Loh, A. / Saleem, S.N. / Kanata, K. / Hashimoto, Y. / Altunoglu, U. / Metoska, A. / Grandjean, J. / Ng, F.M. / Pomp, O. / Baburajendran, N. / Wong, J. / Hill, J. / ...著者: Escande-Beillard, N. / Loh, A. / Saleem, S.N. / Kanata, K. / Hashimoto, Y. / Altunoglu, U. / Metoska, A. / Grandjean, J. / Ng, F.M. / Pomp, O. / Baburajendran, N. / Wong, J. / Hill, J. / Beillard, E. / Cozzone, P. / Zaki, M. / Kayserili, H. / Hamada, H. / Shiratori, H. / Reversade, B.
履歴
登録2019年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,6895
ポリマ－158,6895
非ポリマー00
水00
1
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7381
ポリマ－31,7381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7381
ポリマ－31,7381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7381
ポリマ－31,7381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7381
ポリマ－31,7381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7381
ポリマ－31,7381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.903, 110.312, 155.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Pyrroline-5-carboxylate reductase 2 / P5CR 2


分子量: 31737.818 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96C36, pyrroline-5-carboxylate reductase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Carboxylic acids, 0.1M Buffer system 3 pH 8.5, 50% v/v Precipitant Mix 3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→46.904 Å / Num. obs: 24754 / % possible obs: 97.68 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.829 / Net I/σ(I): 8.75
反射 シェル解像度: 3.4→3.522 Å / Num. unique obs: 20319 / CC1/2: 0.659

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IZZ

2izz


解像度: 3.4→46.904 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3601 1961 8.11 %
Rwork0.3291 --
obs0.3317 24194 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.4 Å2 / Biso mean: 76.6374 Å2 / Biso min: 33.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→46.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9211 0 0 0 9211
残基数----1317
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4001-3.48510.62481270.5361138187
3.4851-3.57930.48851380.4558152996
3.5793-3.68460.49181260.4648155397
3.6846-3.80340.43481590.3996157398
3.8034-3.93930.51831230.4595148593
3.9393-4.0970.42611340.3449155998
4.097-4.28330.2881400.30841614100
4.2833-4.50890.32211410.29351613100
4.5089-4.79120.33231490.2921605100
4.7912-5.16070.33261340.29561644100
5.1607-5.67920.35071470.31461620100
5.6792-6.49920.35981470.30541643100
6.4992-8.18120.24361400.26081669100
8.1812-46.90.27581560.2459174599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.2772 Å / Origin y: 26.959 Å / Origin z: -20.3521 Å
111213212223313233
T0.1677 Å2-0.0273 Å20.0896 Å2-0.4808 Å20.0624 Å2--0.2764 Å2
L0.7275 °20.0245 °2-0.0856 °2-1.1188 °2-0.2362 °2--1.6924 °2
S-0.0276 Å °0.3163 Å °0.01 Å °-0.0785 Å °0.0705 Å °0.0407 Å °0.5312 Å °-0.2289 Å °-0.0099 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 271
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 271
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 271
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 273
5X-RAY DIFFRACTION1allE10 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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