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- PDB-6lgq: The crystal complex structure of histidine kinase and response re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lgq
タイトルThe crystal complex structure of histidine kinase and response regulator
要素
  • DNA-binding response regulator
  • Histidine kinase KdpD
キーワードSIGNALING PROTEIN / Two-component system / histidine kinase / response regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / cellular response to potassium ion / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / outer membrane-bounded periplasmic space ...transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / cellular response to potassium ion / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / outer membrane-bounded periplasmic space / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Signal transduction histidine kinase, osmosensitive K+ channel sensor, N-terminal / Sensor protein KdpD, transmembrane domain / KdpD, transmembrane domain superfamily / Osmosensitive K+ channel His kinase sensor domain / Domain of unknown function (DUF4118) / GAF domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Transcriptional regulatory protein WalR-like / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...: / Signal transduction histidine kinase, osmosensitive K+ channel sensor, N-terminal / Sensor protein KdpD, transmembrane domain / KdpD, transmembrane domain superfamily / Osmosensitive K+ channel His kinase sensor domain / Domain of unknown function (DUF4118) / GAF domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Transcriptional regulatory protein WalR-like / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding response regulator / histidine kinase / Sensor protein KdpD / KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ming, Q.X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal complex structure of histidine kinase and response regulator
著者: Ming, Q.X.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Histidine kinase KdpD
D: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5282
ポリマ－54,5282
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.799, 63.068, 85.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.528, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase KdpD / Sensor protein KdpD / Two-component sensor histidine kinase / Two-component sensor kinase / Two- ...Sensor protein KdpD / Two-component sensor histidine kinase / Two-component sensor kinase / Two-component system sensor histidine kinase KdbD


分子量: 27321.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: kdbD, kdpD, AKG99_04800, AML35_19290, B9M99_01250, BK383_18195, C5P44_02760, CIJ94_01275, D2188_15845, D9H70_02790, D9J60_00745, DTL90_04085, DU321_01600, EC382_20775, EIA21_11550, EO241_ ...遺伝子: kdbD, kdpD, AKG99_04800, AML35_19290, B9M99_01250, BK383_18195, C5P44_02760, CIJ94_01275, D2188_15845, D9H70_02790, D9J60_00745, DTL90_04085, DU321_01600, EC382_20775, EIA21_11550, EO241_08335, EXX06_11290, EXX23_12490, EXX53_15910, EXX55_10750, EXX87_15770, FNJ83_05465, HMPREF3040_04620, NCTC9119_03628, SAMEA3472056_00110
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069C8B3, UniProt: P21865*PLUS, histidine kinase
#2: タンパク質 DNA-binding response regulator / KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE / Response regulator in two-component regulatory ...KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE / Response regulator in two-component regulatory system with KdpD / Transcriptional regulator / Two-component regulatory system response regulator KdpE / Two-component response regulator / Two-component system response regulator / Two-component system response regulator KdpE / VanR-G_1_AY271782


分子量: 27206.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: kdpE_1, kdpE, A8M42_04350, ACU57_12825, AM464_20745, AUQ13_21380, B9T59_04520, BANRA_01744, BANRA_03868, BEN53_05945, BK248_02745, BK334_19180, BON75_19570, BON86_22395, BvCmsHHP001_00776, ...遺伝子: kdpE_1, kdpE, A8M42_04350, ACU57_12825, AM464_20745, AUQ13_21380, B9T59_04520, BANRA_01744, BANRA_03868, BEN53_05945, BK248_02745, BK334_19180, BON75_19570, BON86_22395, BvCmsHHP001_00776, BvCmsHHP019_01442, BvCmsKSP026_01795, BvCmsSINP011_01149, BW690_07930, C4J69_07925, C4M78_23895, C5N07_14640, C6B13_12830, C9200_17795, CA593_25685, CDL37_26920, CI694_20635, CQP61_19525, CSB64_10560, D2183_02080, D2185_15895, D3821_21875, D3O91_17430, D9D20_12870, DAH34_18930, DB359_02985, DBQ99_18030, DM129_15030, DNQ41_07435, DNX30_24225, DTM25_00915, DWB25_17365, E2119_26455, E2134_18575, EAI52_22440, EC3234A_8c00210, EC3426_01519, ECONIH1_03925, ECTO6_03354, EIA08_00640, EJH97_16770, EL75_3094, EL79_3187, EL80_5454, ELT20_10810, ELT49_12200, ELT58_16530, EPS71_20965, EPS91_08680, EPT01_08635, ExPECSC022_01393, ExPECSC038_02992, EXX71_13740, EYD11_16000, FTV90_11805, FV293_12605, FV295_01400, MS6198_07470, NCTC10766_06081, NCTC13462_01629, NCTC13846_03346, NCTC7922_06598, NCTC7927_03942, NCTC7928_05334, NCTC8450_01686, NCTC9007_02376, NCTC9045_04052, NCTC9062_04757, NCTC9117_04356, NCTC9706_00828, NCTC9777_03550, RK56_025185, SAMEA3472033_02545, SAMEA3472047_02080, SAMEA3472080_00274, SAMEA3484427_03082, SAMEA3484429_03300, SAMEA3752559_01043, SAMEA3753300_04142, SK85_00691
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A061KF22, UniProt: P21866*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 5% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 10464 / % possible obs: 92.21 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 49.56 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 28.84
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 455 / CC1/2: 0.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KNY

4kny


解像度: 3→38.83 Å / SU ML: 0.3651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.4876
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 979 10 %
Rwork0.1832 --
obs0.1881 9794 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3443 0 0 7 3450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00523503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87064751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0508551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.41732125
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.160.3655930.2162838X-RAY DIFFRACTION61.57
3.16-3.360.25691390.18651249X-RAY DIFFRACTION93.53
3.36-3.620.22881470.15531324X-RAY DIFFRACTION98.07
3.62-3.980.22371500.17811347X-RAY DIFFRACTION98.23
3.98-4.550.21191470.16971326X-RAY DIFFRACTION97.23
4.55-5.730.24041510.19951357X-RAY DIFFRACTION99.34
5.73-38.830.21031520.19021374X-RAY DIFFRACTION97.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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