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- PDB-6lgl: The atomic structure of varicella-zoster virus A-capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lgl
タイトルThe atomic structure of varicella-zoster virus A-capsid
要素
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
  • Triplex capsid protein 1
  • Triplex capsid protein 2
キーワードVIRUS / Herpesvirus / varicella-zoster virus / capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / virion component / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Major capsid protein / Small capsomere-interacting protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Zheng, Q. / Li, S.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Near-atomic cryo-electron microscopy structures of varicella-zoster virus capsids.
著者: Wei Wang / Qingbing Zheng / Dequan Pan / Hai Yu / Wenkun Fu / Jian Liu / Maozhou He / Rui Zhu / Yuze Cai / Yang Huang / Zhenghui Zha / Zhenqin Chen / Xiangzhong Ye / Jinle Han / Yuqiong Que / ...著者: Wei Wang / Qingbing Zheng / Dequan Pan / Hai Yu / Wenkun Fu / Jian Liu / Maozhou He / Rui Zhu / Yuze Cai / Yang Huang / Zhenghui Zha / Zhenqin Chen / Xiangzhong Ye / Jinle Han / Yuqiong Que / Ting Wu / Jun Zhang / Shaowei Li / Hua Zhu / Z Hong Zhou / Tong Cheng / Ningshao Xia /
要旨: Varicella-zoster virus (VZV) is a medically important human herpesvirus that causes chickenpox and shingles, but its cell-associated nature has hindered structure studies. Here we report the cryo- ...Varicella-zoster virus (VZV) is a medically important human herpesvirus that causes chickenpox and shingles, but its cell-associated nature has hindered structure studies. Here we report the cryo-electron microscopy structures of purified VZV A-capsid and C-capsid, as well as of the DNA-containing capsid inside the virion. Atomic models derived from these structures show that, despite enclosing a genome that is substantially smaller than those of other human herpesviruses, VZV has a similarly sized capsid, consisting of 955 major capsid protein (MCP), 900 small capsid protein (SCP), 640 triplex dimer (Tri2) and 320 triplex monomer (Tri1) subunits. The VZV capsid has high thermal stability, although with relatively fewer intra- and inter-capsid protein interactions and less stably associated tegument proteins compared with other human herpesviruses. Analysis with antibodies targeting the N and C termini of the VZV SCP indicates that the hexon-capping SCP-the largest among human herpesviruses-uses its N-terminal half to bridge hexon MCP subunits and possesses a C-terminal flexible half emanating from the inner rim of the upper hexon channel into the tegument layer. Correlation of these structural features and functional observations provide insights into VZV assembly and pathogenesis and should help efforts to engineer gene delivery and anticancer vectors based on the currently available VZV vaccine.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0880
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0880
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
D: Small capsomere-interacting protein
M: Major capsid protein
V: Small capsomere-interacting protein
N: Major capsid protein
W: Small capsomere-interacting protein
O: Major capsid protein
X: Small capsomere-interacting protein
P: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Q: Major capsid protein
Z: Small capsomere-interacting protein
R: Major capsid protein
a: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
b: Small capsomere-interacting protein
T: Major capsid protein
c: Small capsomere-interacting protein
U: Major capsid protein
d: Small capsomere-interacting protein
B: Major capsid protein
H: Small capsomere-interacting protein
C: Major capsid protein
I: Small capsomere-interacting protein
E: Major capsid protein
J: Small capsomere-interacting protein
F: Major capsid protein
K: Small capsomere-interacting protein
G: Major capsid protein
L: Small capsomere-interacting protein
e: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 2
f: Triplex capsid protein 1
k: Triplex capsid protein 2
p: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 1
l: Triplex capsid protein 2
q: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 1
n: Triplex capsid protein 2
s: Triplex capsid protein 2
z: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,463,28846
ポリマ－3,463,28846
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
D: Small capsomere-interacting protein
M: Major capsid protein
V: Small capsomere-interacting protein
N: Major capsid protein
W: Small capsomere-interacting protein
O: Major capsid protein
X: Small capsomere-interacting protein
P: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Q: Major capsid protein
Z: Small capsomere-interacting protein
R: Major capsid protein
a: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
b: Small capsomere-interacting protein
T: Major capsid protein
c: Small capsomere-interacting protein
U: Major capsid protein
d: Small capsomere-interacting protein
B: Major capsid protein
H: Small capsomere-interacting protein
C: Major capsid protein
I: Small capsomere-interacting protein
E: Major capsid protein
J: Small capsomere-interacting protein
F: Major capsid protein
K: Small capsomere-interacting protein
G: Major capsid protein
L: Small capsomere-interacting protein
e: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 2
f: Triplex capsid protein 1
k: Triplex capsid protein 2
p: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 1
l: Triplex capsid protein 2
q: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 1
n: Triplex capsid protein 2
s: Triplex capsid protein 2
z: Major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,797,2542760
ポリマ－207,797,2542760
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
D: Small capsomere-interacting protein
M: Major capsid protein
V: Small capsomere-interacting protein
N: Major capsid protein
W: Small capsomere-interacting protein
O: Major capsid protein
X: Small capsomere-interacting protein
P: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Q: Major capsid protein
Z: Small capsomere-interacting protein
R: Major capsid protein
a: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
b: Small capsomere-interacting protein
T: Major capsid protein
c: Small capsomere-interacting protein
U: Major capsid protein
d: Small capsomere-interacting protein
B: Major capsid protein
H: Small capsomere-interacting protein
C: Major capsid protein
I: Small capsomere-interacting protein
E: Major capsid protein
J: Small capsomere-interacting protein
F: Major capsid protein
K: Small capsomere-interacting protein
G: Major capsid protein
L: Small capsomere-interacting protein
e: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 2
f: Triplex capsid protein 1
k: Triplex capsid protein 2
p: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 1
l: Triplex capsid protein 2
q: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 1
n: Triplex capsid protein 2
s: Triplex capsid protein 2
z: Major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 17.3 MDa, 230 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,316,438230
ポリマ－17,316,438230
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
D: Small capsomere-interacting protein
M: Major capsid protein
V: Small capsomere-interacting protein
N: Major capsid protein
W: Small capsomere-interacting protein
O: Major capsid protein
X: Small capsomere-interacting protein
P: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Q: Major capsid protein
Z: Small capsomere-interacting protein
R: Major capsid protein
a: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
b: Small capsomere-interacting protein
T: Major capsid protein
c: Small capsomere-interacting protein
U: Major capsid protein
d: Small capsomere-interacting protein
B: Major capsid protein
H: Small capsomere-interacting protein
C: Major capsid protein
I: Small capsomere-interacting protein
E: Major capsid protein
J: Small capsomere-interacting protein
F: Major capsid protein
K: Small capsomere-interacting protein
G: Major capsid protein
L: Small capsomere-interacting protein
e: Triplex capsid protein 1
j: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 2
f: Triplex capsid protein 1
k: Triplex capsid protein 2
p: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 1
l: Triplex capsid protein 2
q: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 1
n: Triplex capsid protein 2
s: Triplex capsid protein 2
z: Major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 20.8 MDa, 276 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,779,725276
ポリマ－20,779,725276
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP


分子量: 155145.359 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
参照: UniProt: Q6QCL5
#2: タンパク質
Small capsomere-interacting protein


分子量: 24440.119 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
参照: UniProt: Q6QCN2
#3: タンパク質
Triplex capsid protein 1


分子量: 54028.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
参照: UniProt: Q6QCN5
#4: タンパク質
Triplex capsid protein 2


分子量: 34421.914 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
参照: UniProt: Q6QCL4

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22983 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / Target criteria: REAL

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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