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- PDB-6lg2: VanR bound to Vanillate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lg2
タイトルVanR bound to Vanillate
要素Predicted transcriptional regulators
キーワードTRANSCRIPTION / VanR transcription factor Vanillate
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / Predicted transcriptional regulators
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者He, Y. / Bharath, S.R. / Song, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Developing a highly efficient hydroxytyrosol whole-cell catalyst by de-bottlenecking rate-limiting steps.
著者: Yao, J. / He, Y. / Su, N. / Bharath, S.R. / Tao, Y. / Jin, J.M. / Chen, W. / Song, H. / Tang, S.Y.
履歴
登録2019年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted transcriptional regulators
B: Predicted transcriptional regulators
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5194
ポリマ－43,1852
非ポリマー3342
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.974, 83.559, 63.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.217, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Predicted transcriptional regulators


分子量: 21592.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: vanR transcriptional regulator
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl2382 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NN31
#2: 化合物 ChemComp-VNL / 4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / vanillate / 4-ヒドロキシ-3-メトキシ安息香酸イオン


分子量: 167.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 12% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.57 Å / Num. obs: 44461 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 15.22 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2195 / CC1/2: 0.434

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L9F

3l9f


解像度: 1.6→29.57 Å / SU ML: 0.1921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.0677
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 2253 5.07 %
Rwork0.1909 --
obs0.1933 44437 92.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 24 335 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00593008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77174065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.51521103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.32491430.27892612X-RAY DIFFRACTION92.64
1.63-1.670.28761160.26722645X-RAY DIFFRACTION92.37
1.67-1.710.29891410.24742607X-RAY DIFFRACTION91.84
1.71-1.760.2791490.2412544X-RAY DIFFRACTION89.92
1.76-1.810.251290.23332484X-RAY DIFFRACTION88.19
1.81-1.870.26611030.21792518X-RAY DIFFRACTION88.16
1.87-1.940.25881510.20682619X-RAY DIFFRACTION91.97
1.94-2.020.26631460.19292648X-RAY DIFFRACTION94.01
2.02-2.110.23951460.18262662X-RAY DIFFRACTION93.88
2.11-2.220.20371650.16982651X-RAY DIFFRACTION94.46
2.22-2.360.26221100.17962733X-RAY DIFFRACTION94.55
2.36-2.540.22771460.18992656X-RAY DIFFRACTION93.4
2.54-2.790.22151560.18452660X-RAY DIFFRACTION94.62
2.79-3.20.211710.18822728X-RAY DIFFRACTION95.65
3.2-4.030.21521520.16452676X-RAY DIFFRACTION94.2
4.03-29.570.24551290.17872741X-RAY DIFFRACTION93.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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