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- PDB-3l9f: The Crystal Structure of smu.1604c from Streptococcus mutans UA159 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9f
タイトルThe Crystal Structure of smu.1604c from Streptococcus mutans UA159
要素Putative uncharacterized protein smu.1604c
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / PadR
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix Hairpins - #1570 / Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Helix Hairpins - #1570 / Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription regulator PadR N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Su, X.-D. / Liu, X.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Crystal Structure of smu.1604c from Streptococcus mutans UA159
著者: Su, X.-D. / Liu, X.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein smu.1604c
B: Putative uncharacterized protein smu.1604c
C: Putative uncharacterized protein smu.1604c
D: Putative uncharacterized protein smu.1604c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7715
ポリマ－93,7474
非ポリマー241
水5,855325
1
A: Putative uncharacterized protein smu.1604c
D: Putative uncharacterized protein smu.1604c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8732
ポリマ－46,8732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18010 Å2
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein smu.1604c
C: Putative uncharacterized protein smu.1604c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8983
ポリマ－46,8732
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.857, 66.148, 115.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein smu.1604c


分子量: 23436.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: smu.1604c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DSZ7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH7.0, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 72518 / Num. obs: 72445 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 17.07 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→46.041 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8177 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1923 2.78 %
Rwork0.2157 67178 -
obs0.2166 69101 95.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.167 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 76.35 Å2 / Biso mean: 20.3402 Å2 / Biso min: 6.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5884 Å20 Å2-2.0359 Å2
2---2.7216 Å20 Å2
3----0.8668 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.041 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5499 0 1 325 5825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9527520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7482195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.29711250.2264360X-RAY DIFFRACTION87
1.845-1.89490.30021480.21654421X-RAY DIFFRACTION89
1.8949-1.95070.30011110.21274548X-RAY DIFFRACTION90
1.9507-2.01360.26841350.20884640X-RAY DIFFRACTION93
2.0136-2.08560.2771390.21014751X-RAY DIFFRACTION95
2.0856-2.16910.24211410.20674791X-RAY DIFFRACTION96
2.1691-2.26780.24841310.21544840X-RAY DIFFRACTION96
2.2678-2.38740.28681470.22284856X-RAY DIFFRACTION97
2.3874-2.5370.28731430.22694934X-RAY DIFFRACTION98
2.537-2.73280.23571440.24564947X-RAY DIFFRACTION98
2.7328-3.00780.27421310.23934981X-RAY DIFFRACTION99
3.0078-3.44290.27681450.22454992X-RAY DIFFRACTION99
3.4429-4.33720.16721410.17625067X-RAY DIFFRACTION100
4.3372-46.05590.1891420.1815050X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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