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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lfu | |||||||||
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タイトル | Poa1p F152A mutant in complex with ADP-ribose | |||||||||
![]() | ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / deacetylase / macro domain | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / phosphatase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chiu, Y.C. / Hsu, C.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Expanding the Substrate Specificity of Macro Domains toward 3''-Isomer of O-Acetyl-ADP-ribose 著者: Chiu, Y.C. / Tseng, M.C. / Hsu, C.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 945.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 957 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20167.994 Da / 分子数: 2 / 変異: F152A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: POA1, YBR022W, YBR0304 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P38218, ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Citric acid, PEG 3350, Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.123→24.884 Å / Num. obs: 5850 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.123→3.4361 Å / CC1/2: 0.953 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LFQ 解像度: 3.123→24.884 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.69
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.92 Å2 / Biso mean: 50.6133 Å2 / Biso min: 19.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.123→24.884 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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