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- PDB-6lfs: Poa1p H23A mutant in complex with ADP-ribose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lfs
タイトルPoa1p H23A mutant in complex with ADP-ribose
要素ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / deacetylase / macro domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Chiu, Y.C. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)108-2628-B-002-013 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)108-2113-M-002-011 台湾
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Expanding the Substrate Specificity of Macro Domains toward 3''-Isomer of O-Acetyl-ADP-ribose
著者: Chiu, Y.C. / Tseng, M.C. / Hsu, C.H.
履歴
登録2019年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9583
ポリマ－20,1771
非ポリマー7812
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomeric protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.429, 82.429, 52.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / [Protein ADP-ribosylglutamate] hydrolase


分子量: 20177.020 Da / 分子数: 1 / 変異: H23A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: POA1, YBR022W, YBR0304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P38218, ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sodium chloride, CAPS, Sodium hydroxide, PEG 8000, Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→32.439 Å / Num. obs: 16602 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.87→1.93 Å / CC1/2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LFQ

6lfq


解像度: 1.87→32.439 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 1658 9.99 %
Rwork0.1758 --
obs0.1802 16602 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.11 Å2 / Biso mean: 24.7408 Å2 / Biso min: 2.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→32.439 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1308 0 50 203 1561
Biso mean--15.85 33.71 -
残基数----166
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.87-1.92480.25261100.2115102282
1.9248-1.9870.26371340.193118093
1.987-2.0580.25551390.18651276100
2.058-2.14030.23721390.17981253100
2.1403-2.23770.24691390.1771267100
2.2377-2.35570.22781420.18481269100
2.3557-2.50320.23761420.18381279100
2.5032-2.69640.21261400.18531256100
2.6964-2.96760.21471350.1821281100
2.9676-3.39660.21621420.17841271100
3.3966-4.27780.2031470.15781276100
4.2778-32.4390.19711490.16391314100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01540.03370.01630.06390.03720.02520.03060.14220.1029-0.08640.0162-0.1102-0.0793-0.00150.01350.1013-0.03250.02320.12470.04210.098710.7337-29.5969-6.5166
20.0091-0.00720.00510.0397-0.01370.0043-0.0259-0.02780.00420.0652-0.0141-0.04250.0171-0.07490.00060.07930.01190.03760.14260.01070.13151.5766-34.80766.7406
30.0037-0.0028-0.00110.0021-0.00010.0014-0.03930.0455-0.0769-0.03670.01550.00640.0362-0.0192-00.0975-0.00920.02410.09560.00560.09117.1189-41.50054.1271
40.01480.03720.00840.2220.05320.0160.0048-0.1491-0.05820.06670.046-0.0613-0.0595-0.1210.0165-0.03510.05910.02360.18510.03810.07581.4094-35.312516.8569
50.01330.01280.02980.01120.02690.05960.0263-0.1170.03750.02780.01080.0292-0.08630.05590.0390.02810.00660.02410.13950.00640.12416.546-30.56069.2733
60.14430.0912-0.05660.0807-0.00930.05010.02930.02520.041-0.02430.0090.0389-0.0073-0.04230.0825-0.0360.0141-0.02070.28130.08530.1152-12.2711-37.32835.9402
70.04710.0294-0.07050.0314-0.11380.48460.1473-0.06150.1562-0.02960.1171-0.0287-0.207-0.05110.1340.10820.11510.02880.14420.01770.2948-3.2158-21.54515.5563
80.0107-0.0055-0.00320.00950.00310.0024-0.0194-0.0123-0.0076-0.01050.0327-0.0347-0.05390.04840.00880.2308-0.03940.06310.3693-0.18560.238613.8641-25.273614.1867
90.0391-0.0623-0.06020.10030.08860.08770.04140.06840.1-0.14270.0175-0.0526-0.1465-0.06870.04010.1313-0.0171-0.01480.17490.06230.14462.7991-28.8907-0.6511
100.010.0071-0.02230.0059-0.01750.052-0.00480.05160.0667-0.0249-0.009-0.004-0.0564-0.0489-0.00920.30360.0942-0.02370.18990.13790.2334-4.5768-22.5313-5.7869
110.0492-0.0379-0.0120.06150.01790.01270.05130.09540.18070.03820.04790.0084-0.1239-0.06820.0220.19510.00890.04590.13560.10510.16145.1302-24.1525-5.2245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 18 )A2 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 33 )A19 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 43 )A34 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 44 through 61 )A44 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 62 through 84 )A62 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 85 through 93 )A85 - 93
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 94 through 113 )A94 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 114 through 136 )A114 - 136
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 137 through 155 )A137 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 156 through 166 )A156 - 166
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 167 through 177 )A167 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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