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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lfq | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Poa1p in apo form | |||||||||
要素 | ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / deacetylase / macro domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / phosphatase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.359 Å | |||||||||
データ登録者 | Chiu, Y.C. / Hsu, C.H. | |||||||||
資金援助 | 台湾, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021 タイトル: Expanding the Substrate Specificity of Macro Domains toward 3''-Isomer of O-Acetyl-ADP-ribose 著者: Chiu, Y.C. / Tseng, M.C. / Hsu, C.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lfq.cif.gz | 81.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lfq.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lfq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lfq_validation.pdf.gz | 440.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lfq_full_validation.pdf.gz | 441.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6lfq_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lfq_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20244.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: POA1, YBR022W, YBR0304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P38218, ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.52 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES sodium, Lithium sulfate monohydrate, Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.359→29.806 Å / Num. obs: 6209 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.359→2.444 Å / CC1/2: 0.911 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.359→29.806 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.19
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.16 Å2 / Biso mean: 29.5345 Å2 / Biso min: 8.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.359→29.806 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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