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万見
- PDB-6lep: Crystal structure of thiosulfate transporter YeeE inactive mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lep
タイトルCrystal structure of thiosulfate transporter YeeE inactive mutant - C91A
要素Sulf_transp domain-containing protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transmembrane / Transporter
機能・相同性Sulphur transport domain / Sulphur transport / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / THIOSULFATE / Thiosulfate transporter TsuA
機能・相同性情報
生物種Spirochaeta thermophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Yoshikaie, K. / Sugano, Y. / Takeuchi, A. / Uchino, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP19K06526, JP19K22395, JP19H05639 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a YeeE/YedE family protein engaged in thiosulfate uptake.
著者: Tanaka, Y. / Yoshikaie, K. / Takeuchi, A. / Ichikawa, M. / Mori, T. / Uchino, S. / Sugano, Y. / Hakoshima, T. / Takagi, H. / Nonaka, G. / Tsukazaki, T.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulf_transp domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9086
ポリマ－36,3701
非ポリマー1,5385
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.910, 94.610, 101.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-802-

HOH

21A-811-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sulf_transp domain-containing protein / YeeE/YedE family protein


分子量: 36369.656 Da / 分子数: 1 / 変異: C91A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaeta thermophila (バクテリア)
遺伝子: Spith_0734 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: G0GAP6
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 / 詳細: Pentaerythritol-propoxylate, MES, NaCl / PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.878 Å / Num. obs: 10320 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 29.277 % / Biso Wilson estimate: 47.588 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.358 / Rrim(I) all: 0.363 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 10.14 / Num. measured all: 302137 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.7618.7832.5821.4328588181615220.3262.64383.8
2.76-2.9527.7781.6992.5841862169015070.471.72689.2
2.95-3.1832.531.0894.3646778153914380.6481.10593.4
3.18-3.4933.0520.5937.4846141148213960.8820.60194.2
3.49-3.931.3420.36411.0538802131612380.9710.36994.1
3.9-4.530.6250.21518.0833565117710960.9790.21893.1
4.5-5.5232.0760.19518.353037610049470.9830.19794.3
5.52-7.830.6050.15320.99229848007510.9940.15593.9
7.8-42.87830.6850.0835.73130414724250.9990.0890

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: experiment

解像度: 2.6→42.878 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 1015 10.04 %
Rwork0.2351 --
obs0.2403 10106 89.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.48 Å2 / Biso mean: 43.7468 Å2 / Biso min: 19.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→42.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 0 105 22 2523
Biso mean--55.37 43.18 -
残基数----318
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.7370.38941290.3211112078
2.737-2.90850.3471330.282118484
2.9085-3.1330.3151440.2765130190
3.133-3.44810.25821500.2375133994
3.4481-3.94680.27351510.2261136394
3.9468-4.97130.2821510.2221136394
4.9713-100.26011570.2049142193
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1104-0.05170.25460.0798-0.25980.88430.0717-0.0307-0.05950.0077-0.01970.0083-0.0780.106100.27990.02930.02690.27830.01110.31640.759622.839761.3936
20.57570.2650.41930.5773-0.21260.65180.0450.3372-0.2579-0.183-0.03260.10560.16160.2146-0.00030.30230.01510.02120.3733-0.05460.351236.886320.775748.8579
30.97760.72910.42410.43530.37661.25240.0150.10320.00810.1321-0.0234-0.0504-0.09570.1055-0.00030.17540.0620.04440.150.00690.214645.774730.999657.9994
40.5958-0.10690.50430.1225-0.24170.67280.0170.5956-0.2304-0.13230.09130.1565-0.0409-0.00410.02860.2998-0.04250.07050.325-0.05380.325138.159322.330541.1985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 214 through 328 )A214 - 328
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1 through 58 )A1 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 162 )A59 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 213 )A163 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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