PDB-6lei: Structure of D-carbamoylase from Nitratireductor indicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lei

タイトル

Structure of D-carbamoylase from Nitratireductor indicus

要素

N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

キーワード

HYDROLASE / carbamoylase / hydantoinse process / D-amino acid / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Nitratireductor indicus C115 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ni, Y. / Liu, Y.F. / Xu, G.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Engineering of D-Carbamoylase Reveals a Key Loop at Substrate Entrance Tunnel
著者: Liu, Y. / Xu, G. / Zhou, J. / Ni, J. / Zhang, L. / Hou, X. / Yin, D. / Rao, Y. / Zhao, Y.L. / Ni, Y.

履歴

登録	2019年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lei.cif.gz	310.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lei.ent.gz	211.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lei_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lei_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6lei_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	6lei_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lcgC 6le2C 6ledC 1fo6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jd5-5 6lcg-d 1q7z-2 2h2q-3 6led-d 6le2-d 1q8a-2 3apy-3 6k38-1 5zcu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

B: N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

ヘテロ分子

69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.617, 93.617, 246.321
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase 分子量: 34709.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitratireductor indicus C115 (バクテリア) 遺伝子: NA8A_19058 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K2NMS4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 4000, sodium chloride, Bis-Tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16496 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 42.1 % / B_iso Wilson estimate: 35.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 41.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 43.6 % / R_merge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / Num. unique obs: 3316 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FO6

1fo6

解像度: 2.8→42.1 Å / SU ML: 0.3241 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3836

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2411	777	4.71 %
R_work	0.2019	-	-
obs	0.2037	16495	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4858	0	20	183	5061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	4986
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4368	6719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	708
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	887
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.5891	1850

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.98	0.3084	129	0.2619	2526	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.98-3.21	0.2873	136	0.2427	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.53	0.2565	120	0.2156	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-4.04	0.2089	129	0.1834	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-5.09	0.174	119	0.1602	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-42.1	0.266	144	0.2097	2817	X-RAY DIFFRACTION	99.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.71815046455	0.826061908727	0.862866554877	3.15945522175	-0.298408841061	2.55349198206	-0.595067692988	-0.599631608508	0.197108759684	0.382949792008	0.582138205911	0.0166370897549	0.51509096259	0.611046966887	-0.044627347895	0.224710573293	0.0681881110367	0.0461777328173	0.207201634435	-0.0372266706611	0.216229693754	24.5726026683	19.8858378176	-0.418510811217
2	6.65916885499	-4.72655362899	-7.40592583588	5.80659439643	6.22789430101	8.96631523258	-0.385847862405	-0.854557288356	0.529435761445	0.205201965369	0.74543905393	-0.498660774857	-0.0607190319294	1.70305047656	-0.056510307405	0.326822452016	-0.0381755981972	0.0179942785403	0.256207584005	0.00135866578044	0.347759982051	34.198486574	16.9392705154	1.80741767452
3	2.62682462558	0.288872104015	-0.446786144113	2.6853042812	-0.819200299299	5.21042342631	0.100158045498	0.136989009901	0.00578334949063	-0.281223752694	0.156888898466	-0.732373911008	0.238610728573	0.261504323259	-0.261373820716	0.277390139656	7.17796364557E-5	0.0723034423599	0.225476673276	-0.084724081136	0.283377870987	29.7461647019	12.7376438159	-12.3487308881
4	2.39584069946	-0.840210046049	0.479316716686	2.59957930021	-0.92836429609	3.77529196969	0.0106426135311	0.138487994891	-0.578754899243	-0.196549516733	0.245647742228	-0.00681524626834	0.111255967038	-0.029299549003	-0.0918165821876	0.226268288064	-0.0516852042955	0.0550940294584	0.169706467323	-0.0357525721951	0.283077156711	23.9319946496	7.63352231805	-8.05606781758
5	3.60610828202	-0.144578918202	-1.20637528724	1.54990839369	0.695297887605	3.49248975634	0.14429272682	0.131412965197	0.132500719131	-0.133548360173	-0.101297365588	0.108567007287	-0.141954974467	0.123252649735	-0.0314085976832	0.279690245394	0.00694699348323	-0.0455543554096	0.175921088358	0.00344441164682	0.166997862403	16.5587525549	17.2551675594	-14.2222585396
6	6.13858941566	-3.1537693408	0.121866456779	7.54532050999	0.72486334357	6.70270706598	-0.210311158078	-0.46092163883	0.0760545629065	-0.551767716287	0.0650396899637	-0.536612677238	0.143460559952	0.833608855263	0.138848965833	0.236392876214	0.0255285093552	0.00286359042619	0.164823309002	-0.0537365794024	0.214735021079	13.1302547124	30.137586784	-11.6644564958
7	5.52613303973	-1.30038680739	-2.93303853203	3.16196720295	0.919918763742	3.45833412549	-0.0756483126958	0.169036564704	-0.0439206320797	-0.415282055306	0.205134037597	-0.0774277785773	-0.363946622949	0.153722007334	-0.0611406498005	0.222839297352	-0.0597730766523	-0.0259922191126	0.196438024931	-0.03752758192	0.154057910223	23.5019609098	25.435274304	-8.72428588916
8	4.87921630294	-0.284633163535	0.26222137647	2.86033606463	-0.00553978739062	3.26701105976	-0.181464204334	-0.964963066709	0.872127391262	0.532303736417	0.24301594801	0.442235370374	-0.0358868352621	0.124338263024	-0.119529560862	0.352953337148	0.0156974967265	0.0843490876425	0.25158511897	-0.0464755761976	0.281998908254	13.1007701926	26.4553243708	1.68826984269
9	3.3682542565	0.741108436341	-2.56317106606	5.51149218454	-2.84672103021	3.57599326931	-0.0657628768048	-0.358642694557	-0.700531951821	0.205203324537	0.394853983976	0.640775493846	0.83963530811	0.205285309872	-0.294926462306	0.286831688377	-0.0258178294298	-0.0281039266847	0.382242039474	0.0183123255497	0.563356537716	-4.57209892359	18.30126874	-16.5845871344
10	1.71232656022	0.443788971889	0.986618297209	3.81567875762	0.219194490657	1.4978237826	0.0454563145261	0.25353235526	0.181203779663	-0.251608528089	-0.156496205031	0.277090976525	-0.732875691353	-0.326875606369	-0.0849296573647	0.150815164581	0.173789573848	-0.0152844780896	0.322550256475	0.148621604357	0.279833263642	-7.60268645569	45.3743283707	-22.0276126263
11	2.69470279369	0.0603545557693	-0.96950847172	2.62824593728	-1.03568370655	3.77323174414	0.178839764986	0.145194618132	0.348471259689	-0.13507574435	-0.0518018650146	0.588795186036	-0.132203179608	-0.609629240278	-0.137152902933	0.173804890432	0.0686190557577	-0.0146491342032	0.372830232979	-0.0143875937253	0.318612554282	-18.8490108257	43.1946788361	-21.3946349575
12	3.81298538977	-0.341735149895	-1.80163972655	2.92351203612	-0.302927792286	5.41167384455	0.189614929871	0.149832379196	-0.464755410976	0.0919544562099	-0.306899332489	0.45031246658	0.147710385001	-0.466703354399	-0.0410289315565	0.23507134054	-0.0346837119744	-0.0967723862947	0.339417526457	-0.00196469836089	0.321835013106	-16.9232175925	30.3701125943	-19.4851850576
13	4.24327303807	-1.56947837866	-1.01314753312	4.72614580132	0.72937391119	4.06193601551	0.180656593133	-0.246478466182	-0.0683160817874	0.0282885940684	0.012164125405	0.0836860378806	0.305764251524	0.0193106042904	-0.217564622535	0.148701632357	-0.0217139671354	0.0249639114005	0.148926078133	0.0110956202222	0.220189034246	-4.0056102481	31.3869267513	-17.2140555929
14	7.63177621219	-2.21071657678	-0.283729626634	3.71751147314	0.120701018302	0.508234390125	0.036801669792	-0.301821929571	0.0411432599559	0.340188885715	-0.0394540246801	-0.169329805733	0.0697721541427	-0.163608331847	-0.0358881700188	0.207383464474	-0.0184798296276	0.0147434263748	0.170632441001	0.0272614397966	0.196375931277	-1.32424198661	38.1490229313	-11.5112679025
15	2.36912549069	-1.24419303533	0.686966220024	5.62193084493	-0.429734631396	0.714724650482	0.351689736564	0.323352733038	-0.129748863092	-0.0932150760145	-0.239750844829	-0.0265043513846	0.152677159913	0.0519730859607	-0.070716894787	0.247898921697	-0.0376841021409	-0.0231039047903	0.218983704331	-0.0430237045611	0.178102423977	5.2614373948	28.750403755	-21.3384471056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 135 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 136 through 207 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 208 through 226 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 227 through 251 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 252 through 283 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 284 through 307 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 21 through 87 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 88 through 163 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 164 through 205 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 206 through 251 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 252 through 307 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)