PDB-6leg: Structure of E. coli beta-glucuronidase complex with uronic isofa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6leg

タイトル

Structure of E. coli beta-glucuronidase complex with uronic isofagomine

要素

Beta-D-glucuronidase

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / isofagomine / glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.603 Å

データ登録者

Lin, H.-Y. / Kuo, Y.-H. / Lin, C.-H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Entropy-driven binding of gut bacterial beta-glucuronidase inhibitors ameliorates irinotecan-induced toxicity.
著者: Lin, H.Y. / Chen, C.Y. / Lin, T.C. / Yeh, L.F. / Hsieh, W.C. / Gao, S. / Burnouf, P.A. / Chen, B.M. / Hsieh, T.J. / Dashnyam, P. / Kuo, Y.H. / Tu, Z. / Roffler, S.R. / Lin, C.H.

履歴

登録	2019年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6leg_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6leg_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6leg_validation.xml.gz	91.1 KB	表示
CIF形式データ	6leg_validation.cif.gz	122 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6leg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6leg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ld0C 6ld6C 6ldbC 6ldcC 6lddC 6lejC 6lelC 6lemC 3k46S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lpg-1 3lpf-1 6lel-1 3k4d-1 6lej-1 3k4a-1 5c71-d 3k46-1 4jhz-2 5z19-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (12) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Beta-D-glucuronidase

B: Beta-D-glucuronidase

C: Beta-D-glucuronidase

D: Beta-D-glucuronidase

ヘテロ分子

275 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.527, 75.926, 168.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.790, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-876- HOH

#1: タンパク質	Beta-D-glucuronidase / Beta-glucuronidase / NLS-GFP-GUS 分子量: 68659.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: uidA, A9R57_02750, ACN68_26240, ACN81_11215, ACU57_22480, AM270_03870, AM464_25945, AUQ13_03930, BANRA_00079, BANRA_00563, BANRA_02251, BB545_08625, BET08_08370, BHS87_09195, BJJ90_13245, ...遺伝子: uidA, A9R57_02750, ACN68_26240, ACN81_11215, ACU57_22480, AM270_03870, AM464_25945, AUQ13_03930, BANRA_00079, BANRA_00563, BANRA_02251, BB545_08625, BET08_08370, BHS87_09195, BJJ90_13245, BK292_18725, BOH76_23450, BON63_17270, BON69_09035, BON71_25965, BUE81_02440, BvCms2454_03287, BvCmsHHP019_03955, BvCmsKKP061_00687, BvCmsKSP011_01150, BvCmsKSP024_03693, BvCmsKSP026_03508, BvCmsKSP045_00685, BvCmsKSP067_00118, BvCmsNSP047_02620, BvCmsSINP012_02859, BvCmsSIP019_00145, BVL39_19890, BW690_15740, BZL31_05290, C4J69_24575, C5N07_00485, C7235_11830, C9200_15785, C9E25_02740, C9Z12_02165, CA593_19915, CI694_12700, COD46_02605, CV83915_04776, D2185_18760, D3821_14300, D3Y67_19800, D9D20_10680, D9I11_03210, D9K48_06425, DBQ99_12860, DNQ41_12380, DXT69_06115, DXT71_07500, E2119_03270, E5P28_03750, E5S47_08220, EAI46_18055, EAI52_05705, EC3234A_33c01180, EC3426_02616, EEP23_13620, EL75_2040, EL79_2080, EL80_2107, ELT20_01525, EPS71_15340, ERS085365_00730, ERS085416_00883, ERS139211_01060, ERS150873_00637, EXX24_04480, EXX78_14190, EYD11_10940, EYY78_00120, FAX15_15905, FV293_04650, NCTC11181_05093, NCTC13462_05935, NCTC8500_02703, NCTC9045_02849, NCTC9062_00385, NCTC9706_03872, PU06_11555, RG28_14030, RK56_009440, SAMEA3472044_02684, SAMEA3472047_01270, SAMEA3472080_01417, SAMEA3484427_00776, SAMEA3484429_00887, SAMEA3752553_00640, SAMEA3752559_02259, SAMEA3753097_02320, SK85_01835, WR15_14365 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: W8SYR0, UniProt: P05804*PLUS, beta-glucuronidase
#2: 化合物	ChemComp-SJ5 / (3S,4R,5R)-4,5-dihydroxypiperidine-3-carboxylic acid / (3S)-4β,5α-ジヒドロキシピペリジン-3α-カルボン酸分子量: 161.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 and 21% PEG4K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 79253 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.179 / Χ²: 0.884 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 362631

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	2.9	0.76	7489	0.791	0.468	0.897	0.825	94.7
2.69-2.8	3.4	0.855	7876	0.859	0.479	0.985	0.871	99
2.8-2.93	4.1	0.946	7881	0.866	0.48	1.066	0.861	99.7
2.93-3.08	4.7	0.717	7937	0.931	0.345	0.799	0.889	99.8
3.08-3.28	5.1	0.478	7964	0.959	0.225	0.53	0.907	99.8
3.28-3.53	5.2	0.268	7945	0.983	0.127	0.298	0.938	99.8
3.53-3.88	5.2	0.146	7965	0.992	0.07	0.162	0.937	99.9
3.88-4.44	5.2	0.081	8036	0.995	0.04	0.09	0.939	99.9
4.44-5.59	5.2	0.052	8021	0.996	0.026	0.059	0.831	99.8
5.59-30	4.6	0.037	8139	0.998	0.021	0.043	0.782	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3k46

3k46

解像度: 2.603→29.792 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2879	1873	2.8 %
R_work	0.2317	-	-
obs	0.2333	66958	83.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.98 Å² / B_iso mean: 51.2965 Å² / B_iso min: 9.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.603→29.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19223	0	44	231	19498
B_iso mean	-	-	30.99	36.28	-
残基数	-	-	-	-	2397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	19768
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.029	26894
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2855
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3507
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.959	11509

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6034-2.6738	0.3856	72	0.31	2609	44
2.6738-2.7524	0.3573	91	0.3096	3223	54
2.7524-2.8412	0.3906	113	0.303	3709	63
2.8412-2.9427	0.3578	121	0.312	4241	71
2.9427-3.0604	0.3581	139	0.2945	4944	83
3.0604-3.1995	0.36	153	0.2829	5420	91
3.1995-3.368	0.3502	163	0.2645	5596	94
3.368-3.5786	0.2997	165	0.2331	5742	96
3.5786-3.8544	0.2584	168	0.2192	5834	98
3.8544-4.2413	0.2494	170	0.2004	5878	98
4.2413-4.8528	0.2502	171	0.1953	5931	99
4.8528-6.1053	0.2802	173	0.2127	5979	99
6.1053-29.792	0.2326	174	0.2013	5979	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1215	0.0339	-0.2929	1.0806	0.0431	2.2688	-0.1028	0.5095	-0.2465	-0.2671	-0.0656	0.3769	0.0591	-0.7428	0.0835	0.3142	-0.0643	-0.0949	0.5621	-0.1369	0.3386	24.6635	6.2519	9.2848
2	2.5426	0.1108	-1.3127	0.0553	0.2794	3.0078	-0.1477	0.4545	-0.2406	-0.1029	-0.0225	0.0588	0.0214	-0.147	0.1268	0.4074	0.0083	-0.0755	0.1537	-0.0158	0.3066	43.2557	13.2952	10.0831
3	3.0366	0.0215	-0.3547	1.3948	-0.4238	3.3312	-0.0809	-0.1469	0.2562	0.0199	0.0628	-0.0927	-0.5355	0.1611	0.0203	0.347	-0.0221	-0.0563	0.1158	0.0026	0.2149	50.0244	18.2913	26.4982
4	1.6512	-1.0636	0.1585	1.5406	-0.2094	2.9827	-0.2326	-0.5927	-0.3631	0.4012	0.2739	-0.1624	0.4506	0.752	0.0362	0.6082	0.2924	-0.0054	0.7769	0.2055	0.4685	70.1463	-8.0381	73.2938
5	1.8038	0.0409	-0.5098	0.8748	0.5894	2.3041	-0.184	-0.6701	-0.196	0.293	0.1381	-0.1129	0.1723	0.5973	0.0189	0.5069	0.2541	0.0119	0.6728	0.1198	0.2923	63.9213	3.0444	76.3865
6	2.7432	-0.6665	-0.1297	1.9438	-0.5374	1.8841	-0.1269	-0.8494	0.3398	0.3013	0.0135	-0.4722	-0.1894	0.7119	0.1257	0.4931	-0.0003	-0.1048	0.7357	-0.0376	0.2812	71.2912	22.504	72.8864
7	2.4212	-0.527	-1.5329	1.1356	-0.5965	5.4165	-0.3261	-0.5024	-0.3726	0.2092	0.0264	-0.0343	0.2514	0.2987	0.2043	0.415	0.1181	-0.016	0.3056	-0.0263	0.2564	54.0024	9.3527	68.143
8	3.1397	0.2819	1.0054	1.0355	0.1438	3.7568	-0.1434	-0.5402	0.2429	0.3484	-0.0745	0.1505	-0.3238	-0.2144	0.1573	0.4289	0.0517	0.0184	0.2296	-0.0137	0.2702	44.1517	16.8361	69.5145
9	3.4031	1.3066	-0.312	0.6438	0.0057	4.4224	-0.1245	-0.0151	0.2724	-0.3448	0.1362	0.3723	-0.3477	0.2714	-0.0504	0.2252	0.0191	-0.0326	0.2452	0.0243	0.2112	49.4612	16.1548	55.892
10	3.974	-0.6248	0.3543	2.1561	-1.7181	3.6588	-0.1093	0.1472	-0.0033	0.166	0.0454	0.4697	-0.2648	-1.0068	0.0423	0.2349	0.0565	0.0287	0.4712	-0.0894	0.441	9.7315	9.6626	35.4314
11	0.9796	-0.1837	0.9699	2.8133	-0.0891	1.8502	0.0094	0.0786	-0.6605	-0.2686	-0.026	0.7535	0.7753	-0.8886	-0.0989	0.6769	-0.3383	0.119	0.8224	-0.169	0.8914	5.6443	-19.7399	30.1088
12	1.4446	-0.0135	-0.7465	1.8402	0.0101	1.6167	-0.2704	-0.0079	-0.5281	0.2942	-0.0649	0.3194	0.44	-0.7066	0.2343	0.5973	-0.151	0.1228	0.3612	-0.0307	0.5769	18.6279	-8.6469	43.9465
13	2.2288	0.1003	0.0483	1.4241	-0.0133	2.1966	-0.2999	-0.2625	-0.7548	0.2692	0.0436	0.2138	0.7773	-0.3678	0.0619	0.5969	-0.1291	0.1576	0.2527	0.0293	0.6227	24.0936	-15.2487	51.4978
14	4.2899	0.2895	-0.2758	2.8458	1.5124	3.6964	0.0077	-0.4693	-0.0546	0.0123	0.0824	-0.385	-0.0605	0.9876	0.0113	0.2375	0.0206	-0.0059	0.5791	0.0328	0.2626	83.8055	8.0709	47.9154
15	1.4312	0.0282	-0.3979	1.4388	0.4951	1.3394	-0.208	-0.2371	-0.506	0.0934	0.2452	-0.1806	0.5662	0.8144	-0.0438	0.6052	0.4499	0.1001	0.5962	0.1258	0.5487	81.4339	-16.2778	41.5677
16	2.7881	-1.0328	-0.0045	1.5251	-0.7336	1.5714	-0.1734	0.1256	-0.6932	-0.1797	-0.0756	0.1716	0.7406	0.2052	0.1723	0.624	0.131	0.0773	0.2458	-0.001	0.4472	59.5945	-16.5586	32.8553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 307 )	A	0 - 307
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 308 through 477 )	A	308 - 477
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 478 through 601 )	A	478 - 601
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 121 )	B	0 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 122 through 207 )	B	122 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 208 through 307 )	B	208 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 308 through 381 )	B	308 - 381
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 382 through 539 )	B	382 - 539
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 540 through 601 )	B	540 - 601
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 0 through 173 )	C	0 - 173
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 174 through 307 )	C	174 - 307
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 308 through 381 )	C	308 - 381
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 382 through 601 )	C	382 - 601
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 0 through 173 )	D	0 - 173
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 174 through 477 )	D	174 - 477
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 478 through 597 )	D	478 - 597

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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