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- PDB-6leb: Staphylococcus aureus surface protein SdrC mutant-P366H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6leb
タイトルStaphylococcus aureus surface protein SdrC mutant-P366H
要素Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily ...SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Hang, T. / Zhang, M. / Wang, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the intermolecular interaction of the adhesin SdrC in the pathogenicity of Staphylococcus aureus.
著者: Wang, J. / Zhang, M. / Wang, M. / Zang, J. / Zhang, X. / Hang, T.
履歴
登録2019年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
B: Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3229
ポリマ－70,8132
非ポリマー5097
水20,5011138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.734, 87.130, 63.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 181 - 495 / Label seq-ID: 1 - 315

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein


分子量: 35406.305 Da / 分子数: 2 / 変異: P366H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sdrC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2UWK0
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08 M Magnesium formate dihydrate, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 100843 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 10.509 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.49-1.527.427730.1540.6040.80896.7
1.52-1.5410.128330.3040.470.884100
1.54-1.5711.128770.3070.4141.012100
1.57-1.6111.828790.3590.3691.176100
1.61-1.6412.228740.5250.3451.268100
1.64-1.6812.328620.5020.3161.531100
1.68-1.721228610.520.2991.7271000.999
1.72-1.771328660.5560.2582.311000.9060.942
1.77-1.8213.428940.6380.2363.2051000.8390.872
1.82-1.8813.428750.6840.2284.2761000.810.842
1.88-1.9413.128940.740.2145.7251000.7550.785
1.94-2.0212.628720.7790.2147.7291000.7340.765
2.02-2.1112.929010.6920.20410.1041000.7130.742
2.11-2.2313.728840.8130.19112.0631000.6890.715
2.23-2.3713.629290.8240.18313.5181000.6580.683
2.37-2.5513.229000.8910.17914.8551000.6340.659
2.55-2.813.129200.890.17317.7221000.6110.635
2.8-3.2113.829360.9350.16724.2181000.6090.631
3.21-4.0412.829550.9250.16534.8321000.5750.599
4.04-5013.130880.9330.15235.9381000.550.571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IRP

3irp


解像度: 1.54→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.071
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1774 5023 5 %RANDOM
Rwork0.1259 ---
obs0.1285 95689 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.67 Å2 / Biso mean: 19.468 Å2 / Biso min: 7.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å20.35 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4994 0 32 1138 6164
Biso mean--40.31 35.58 -
残基数----630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.025205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2551.9257071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.87310770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9195651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63526.496274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32615873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.618158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.026144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0290.021244
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.78739872
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.159598
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.181510817
Refine LS restraints NCS数: 2837 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 2.8 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 1.543→1.583 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 323 -
Rwork0.188 6424 -
all-6747 -
obs--89.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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