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- PDB-6le5: Crystal structure of the mitochondrial calcium uptake 1 and 2 het... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6le5
タイトルCrystal structure of the mitochondrial calcium uptake 1 and 2 heterodimer (MICU1-MICU2 heterodimer) in an apo state
要素
  • Calcium uptake protein 1, mitochondrial
  • Calcium uptake protein 2, mitochondrial
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Complex / Mitochondrial calcium uptake 1 and mitochondrial calcium uptake 2
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / uniplex complex / Processing of SMDT1 / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / mitochondrial calcium ion homeostasis ...mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / uniplex complex / Processing of SMDT1 / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium ion sensor activity / calcium ion import / cellular response to calcium ion starvation / calcium channel inhibitor activity / calcium channel complex / Mitochondrial protein degradation / cellular response to calcium ion / calcium channel regulator activity / defense response / protein homooligomerization / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uptake protein 1/2/3 / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Calcium uptake protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Park, J. / Lee, Y. / Park, T. / Kang, J.Y. / Jin, M. / Yang, J. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structure of the MICU1-MICU2 heterodimer provides insights into the gatekeeping threshold shift.
著者: Park, J. / Lee, Y. / Park, T. / Kang, J.Y. / Mun, S.A. / Jin, M. / Yang, J. / Eom, S.H.
履歴
登録2019年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
B: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
C: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
D: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
E: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
F: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
G: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
H: Calcium uptake protein 2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,0788
ポリマ－318,0788
非ポリマー00
水00
1
A: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
B: Calcium uptake protein 2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5202
ポリマ－79,5202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27090 Å2
手法PISA
2
C: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
D: Calcium uptake protein 1, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5202
ポリマ－79,5202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area29270 Å2
手法PISA
3
E: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
F: Calcium uptake protein 2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5202
ポリマ－79,5202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
4
G: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
H: Calcium uptake protein 2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5202
ポリマ－79,5202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.970, 173.720, 148.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Atopy-related autoantigen CALC / ara CALC / Calcium-binding atopy-related autoantigen 1


分子量: 40204.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BPX6
#2: タンパク質
Calcium uptake protein 2, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A1


分子量: 39314.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IYU8
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG3350 0.2 M Ammonium citrate tribasic (pH 7.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→86.86 Å / Num. obs: 57570 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Num. unique obs: 4480 / CC1/2: 0.258

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
SHELX位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.59 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33162 2802 4.9 %RANDOM
Rwork0.29277 ---
obs0.29467 54709 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.678 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å2-0 Å20.43 Å2
2---2.05 Å2-0 Å2
3---1.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17392 0 0 0 17392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01917731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0216234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9523848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.663337044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59852175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37323.617857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.649152813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.47615106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0220143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.024449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5987.6278826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5987.6278825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.87211.41210959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.87211.41210960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.0657.4388905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.0647.4388906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.08111.11312890
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.51659.26520474
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.51659.26620475
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 218 -
Rwork0.409 4018 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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