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- PDB-6ldn: Crystal structure of T.onnurineus Csm5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ldn
タイトルCrystal structure of T.onnurineus Csm5
要素Csm5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR / Csm
機能・相同性CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RNA binding / CRISPR system Cms protein Csm5
機能・相同性情報
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Park, K.H. / Woo, E.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Csm5 subunit of the Type III-A Csm complex at 2.6 Angstroms resolution
著者: Park, K.H. / Woo, E.J.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Csm5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2621
ポリマ－45,2621
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.473, 131.072, 51.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Csm5


分子量: 45262.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0897
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpGUT1 (その他)
参照: UniProt: B6YWC2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 % PEG 8000 (w/v), 100 mM CHES/sodium hydroxide pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→32.77 Å / Num. obs: 13324 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 51.39 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 61.49
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 13324 / Rsym value: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→32.77 Å / SU ML: 0.3349 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1705
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 1333 10 %
Rwork0.208 11991 -
obs0.2134 13324 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 0 37 2997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00663027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97164096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.31951451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.70.31171300.24071167X-RAY DIFFRACTION98.11
2.7-2.80.32571310.22911177X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.930.30981310.23661183X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.090.28751330.24511197X-RAY DIFFRACTION99.92
3.09-3.280.31171320.22881192X-RAY DIFFRACTION99.92
3.28-3.530.30061320.22071186X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.890.25851340.21211210X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.450.22811370.18031221X-RAY DIFFRACTION100
4.45-5.60.23471360.17771231X-RAY DIFFRACTION99.93
5.6-32.770.24581370.21721227X-RAY DIFFRACTION93.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.2863044184 Å / Origin y: 18.4122757955 Å / Origin z: 61.854107128 Å
111213212223313233
T0.366972068841 Å20.0206818438957 Å20.0107392922735 Å2-0.267881061406 Å20.0384163878597 Å2--0.324773768727 Å2
L1.86714580863 °20.28157550904 °2-0.947607629409 °2-1.55945596059 °20.00489689651222 °2--1.32684563083 °2
S-0.0333720175874 Å °-0.110081482318 Å °-0.0788285803543 Å °0.198422583066 Å °0.0181275936 Å °0.112378862685 Å °0.0152627289345 Å °0.0497658559265 Å °0.0261801861125 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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