PDB-6lcc: Crystal structure of AaTPS apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lcc

タイトル

Crystal structure of AaTPS apo

要素

AaTPS

キーワード

LYASE / terpene cyclase / terpene synthase

機能・相同性

Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Alternaria alternata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

He, H. / Mori, T. / Abe, I.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of AaTPS
著者: He, H. / Mori, T. / Abe, I.

履歴

登録	2019年11月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lcc.cif.gz	161 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lcc.ent.gz	125.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lcc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lcdC 2oa6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lcd-2 3jwq-2 6lcd-1 2xd4-d 2uxv-2 4ajg-2 6ori-d 3gag-2 3tge-d 5c1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AaTPS

B: AaTPS

96.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AaTPS

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AaTPS

登録者が定義した集合体
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.160, 115.509, 149.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AaTPS 分子量: 48238.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alternaria alternata (菌類) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, Ammonium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→46.796 Å / Num. obs: 38215 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 48.75 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / R_merge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4595 / CC_1/2: 0.818

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Aimless		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OA6

2oa6

解像度: 2.6→46.796 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2367	2000	5.24 %
R_work	0.1912	-	-
obs	0.1935	38148	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.87 Å² / B_iso mean: 48.4217 Å² / B_iso min: 20.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→46.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5938	0	0	136	6074
B_iso mean	-	-	-	42.54	-
残基数	-	-	-	-	749

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6-2.6651	0.3318	141	0.2544	2537	100
2.6651-2.7371	0.2689	139	0.2324	2533	100
2.7371-2.8176	0.2988	143	0.2317	2575	100
2.8176-2.9086	0.2945	139	0.2241	2526	100
2.9086-3.0125	0.2902	143	0.2297	2557	100
3.0125-3.1331	0.2851	139	0.2373	2543	100
3.1331-3.2757	0.3003	142	0.2266	2555	100
3.2757-3.4483	0.2609	141	0.2095	2558	100
3.4483-3.6643	0.2608	144	0.1969	2592	100
3.6643-3.9471	0.2434	143	0.1851	2582	100
3.9471-4.344	0.2024	142	0.1706	2581	100
4.344-4.972	0.2102	145	0.16	2617	100
4.972-6.2618	0.2207	146	0.1883	2634	100
6.2618-46.796	0.1755	153	0.1549	2758	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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