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- PDB-6lc1: Structural basis of NR4A1 bound to the human pituitary proopiomel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lc1
タイトルStructural basis of NR4A1 bound to the human pituitary proopiomelanocortin gene promoter
要素
  • DNA
  • DNA (25-MER)
  • Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / nuclear receptor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis / fat cell differentiation / skeletal muscle cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of cell cycle / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / response to electrical stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to amphetamine / lipopolysaccharide binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / presynapse / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Jiang, L. / Chen, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81372904 and 81570537 中国
National Natural Science Foundation of China81272971 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of NR4A1 bound to the human pituitary proopiomelanocortin gene promoter.
著者: Jiang, L. / Wei, H. / Yan, N. / Dai, S. / Li, J. / Qu, L. / Chen, X. / Guo, M. / Chen, Z. / Chen, Y.
履歴
登録2019年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: DNA
J: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
L: DNA (25-MER)
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
C: DNA (25-MER)
D: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
F: DNA
G: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,06916
ポリマ－71,5458
非ポリマー5238
水00
1
I: DNA
J: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
L: DNA (25-MER)
G: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0348
ポリマ－35,7734
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA
2
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
C: DNA (25-MER)
D: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
F: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0348
ポリマ－35,7734
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.822, 63.210, 91.762
Angle α, β, γ (deg.)109.980, 90.210, 89.540
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain F and (resid 2 through 11 or resid 13 through 26))
21(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13 through 26))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11DGDGDADA(chain F and (resid 2 through 11 or resid 13 through 26))FG2 - 112 - 11
12DCDCDGDG(chain F and (resid 2 through 11 or resid 13 through 26))FG13 - 2613 - 26
21DGDGDADA(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13 through 26))IA2 - 112 - 11
22DCDCDGDG(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13 through 26))IA13 - 2613 - 26

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要素

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 7971.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3


分子量: 9899.692 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22736
#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 8002.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Ammonium sulfate, 10mM magnesium chloride, 50mM MES monohydrate pH 5.6, 20% w/v Polyethylene glycol 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→29.646 Å / Num. obs: 12751 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.12→3.232 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique obs: 984 / Rpim(I) all: 0.181 / Rrim(I) all: 0.357

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1cit

1cit


解像度: 3.12→29.646 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 30.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 677 5.31 %
Rwork0.2093 12072 -
obs0.2125 12749 92.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.76 Å2 / Biso mean: 93.8968 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.12→29.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2681 2090 8 0 4779
Biso mean--92.65 --
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.737224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6912710
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11F468X-RAY DIFFRACTION17.4TORSIONAL
12I468X-RAY DIFFRACTION17.4TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1202-3.36080.38261140.3047213381
3.3608-3.69850.31861420.2843235190
3.6985-4.23230.33921270.2462251697
4.2323-5.32720.24781550.1953257999
5.3272-29.6460.2081390.1582249396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.0712-0.5854-2.0558.5682-4.78676.37361.3921-1.49371.86460.1353-2.3769-0.40740.533.0088-0.64291.0206-0.22750.18511.2899-0.12960.6823-38.856142.075941.2674
20.6558-0.85260.19661.8876-2.20144.02480.50270.56020.2545-0.65590.4617-0.1584-0.10370.5305-0.33131.3099-0.14440.29860.9314-0.04581.0701-32.794841.63416.4195
32.3919-0.8619-0.75825.0186-0.78755.5293-0.03540.4765-0.12290.3365-0.0790.81921.0156-0.7064-0.23750.9168-0.14270.24270.92580.0280.828-30.841542.2831-17.9641
44.345-0.1718-1.17481.1613-1.20523.6388-0.4073-0.6101-0.68781.07040.31890.8949-1.73140.4214-0.35351.245-0.11130.11640.78250.09930.8297-24.68157.9266-17.6609
53.64672.02020.80483.3839-0.39314.7863-0.0949-1.82690.54250.285-0.36941.2996-1.26410.6347-0.29751.0496-0.1730.16270.90420.08170.8694-21.355751.2314-13.1968
66.44640.0046-0.1316.3812-0.83216.5849-0.6914-0.1055-0.5590.88940.09150.52230.6710.9758-0.30670.5843-0.02310.01050.82410.03690.7701-20.992143.6971-22.0199
72.1121.8614-1.08451.6347-1.04914.3614-0.06911.30610.9580.5115-0.4343-0.1945-1.07660.4043-0.32850.8116-0.20060.05411.01030.07810.8964-17.419553.6514-31.9958
83.7966-0.481-0.11082.31410.30151.27170.04430.77770.2563-0.24230.62280.1708-0.28711.9033-0.35880.5351-0.14120.0241.2687-0.11230.5873-14.034551.456-25.3721
97.97873.39370.15712.8112.22423.406-0.0734-0.4192-0.164-0.43360.2741-0.76230.33441.9794-0.79260.6542-0.0245-0.3441.7096-0.57330.9069-12.372245.4556-15.6054
100.13990.4354-0.23451.4059-0.07733.4432-0.51870.1879-1.98511.0936-0.3091-2.42311.80581.5617-0.21381.06160.1730.19571.12990.17161.1759-18.077833.8387-12.8499
119.475.94747.79133.73694.88196.3536-2.3943-1.41081.50380.1209-0.73230.6929-0.0658-0.0957-1.48931.18710.34970.45011.14280.211.3466-23.109638.0537-5.1037
126.93351.64480.99165.5541-1.22093.9819-0.1859-0.5159-0.65490.019-0.17480.52381.5548-0.035-0.24730.9007-0.09140.21260.7539-0.05430.7352-28.825343.8318-27.7851
131.65010.0028-1.52780.8691.0315.76470.2384-0.70810.17251.0733-0.00120.3515-0.22310.3039-0.30471.348-0.19640.24430.93820.07720.8829-30.592542.2356-1.8768
143.3374-0.1258-2.05852.71493.15484.53140.4598-0.19830.6985-0.2470.5269-0.1844-0.84740.9322-0.28310.9185-0.16670.10080.7899-0.12560.8214-34.256141.611629.4704
151.92781.25070.0931.48390.83050.76-0.0162-0.65850.09660.8930.19510.9917-0.39820.0976-0.39010.95960.0752-0.10820.71020.1280.8734-48.5139.6995-14.0017
163.9646-1.35230.08362.153-0.86262.56050.73560.5644-0.94930.1046-0.2979-0.87910.3162-0.4572-0.34380.57380.108-0.08230.63480.00930.8003-43.780415.7228-18.9297
171.72220.96160.59011.34170.51610.42351.69530.6599-0.3994-0.3768-0.72810.5640.7156-0.9159-0.32570.71710.1658-0.05141.31610.09740.8853-46.43523.916-29.638
182.7148-1.2242-1.64820.57260.76041.01161.50681.6063-1.3269-0.426-0.2338-0.54281.2867-0.0495-0.13750.77370.034-0.42151.1922-0.23820.9191-54.1912.748-29.725
192.58660.39651.73774.23140.55381.24880.5684-0.1532-0.13010.0320.50320.8990.1066-0.5715-0.3540.60090.2238-0.02780.92730.06540.8556-53.02918.834-21.376
204.85454.43-3.1047.7466-4.80963.44490.92870.71541.44161.24120.92131.2821-1.1923-0.62671.37330.97050.15970.14230.04-0.4190.6918-42.122125.1452-13.6056
214.1038-0.6651-3.02131.8948-0.93767.82860.5764-1.3391-0.33671.7216-0.4794-0.3877-0.34991.7222-0.44260.84240.0185-0.15751.091-0.18531.0738-33.441522.2036-7.3647
223.4348-0.49690.47945.42372.51524.50230.4536-0.1935-0.4680.69830.4504-0.4512-0.1050.2385-0.30560.73950.1781-0.13990.7714-0.07260.8015-34.376811.9635-13.9434
233.59350.12281.79972.9098-1.16885.30530.13910.6677-0.0011-0.93730.0380.9585-0.6822-0.5512-0.1941.06070.0165-0.16420.7577-0.0110.8837-30.482410.720526.2558
241.6684-0.32111.31690.0421-0.17931.0546-1.2475-0.45240.5083-0.09050.79910.33221.6516-0.3632-0.37010.96530.1023-0.051.01280.08951.0234-24.3132-4.872730.9182
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284.6241-2.45311.94711.4235-0.8063.94870.29020.8181.2647-0.10870.3022-1.16980.08941.9683-0.17660.7018-0.1941-0.03331.4094-0.02640.8852-13.09078.695728.8528
293.573-1.6321-1.03881.9689-0.94443.5784-0.3529-0.06580.8479-1.5054-0.3091-0.1975-2.06160.7304-0.28661.19-0.0708-0.16980.86040.16231.0566-20.635218.424623.7689
304.1006-0.51541.58113.379-2.75584.6950.2219-0.13090.189-0.4865-0.08070.2451-0.43660.0028-0.32190.9170.0511-0.19070.6912-0.05680.9226-30.27610.242924.8745
313.3740.43761.28532.47121.40863.78970.66430.5104-0.45180.1960.4286-0.42571.27860.5861-0.2770.9450.1331-0.19470.8548-0.16470.7981-34.389410.857-17.8825
322.77831.0540.27953.72030.62570.09160.665-0.52171.7076-0.3953-0.71411.247-0.06370.4352-0.42440.9839-0.11750.14850.80360.1281.2427-50.697146.251929.1692
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340.82360.24950.63821.0578-0.15822.19460.5971-0.72710.2801-0.0648-0.5921.5108-0.0017-0.3504-0.37511.171-0.105-0.01071.02590.11791.2688-53.832932.855843.8873
352.77630.10770.19751.6290.7470.4880.4642-1.03041.03660.4267-0.5487-0.012-0.8332-1.2201-0.41081.472-0.09170.23851.3104-0.45411.2354-52.589644.960241.5542
363.0029-0.97380.36873.2076-0.08282.83620.42450.73230.61550.2550.77390.85090.78620.4849-0.36460.8308-0.15530.07710.8330.0620.9695-52.978334.100637.3328
374.1942-0.6483-0.61770.4057-0.64481.40830.09442.0731-2.1667-0.4422-0.42870.35990.7752-0.2138-0.31980.7232-0.0121-0.1410.5529-0.14020.8281-42.222228.006427.0593
382.1666-1.09610.47961.9828-2.28154.261.42281.654-0.4689-1.1893-0.51980.20911.26091.4565-0.3441.1938-0.01810.10831.00360.12040.919-33.355231.233420.6478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'I' and (resid 1 through 5 )I1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'I' and (resid 6 through 15 )I6 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'I' and (resid 16 through 26 )I16 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'J' and (resid 265 through 275 )J265 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'J' and (resid 276 through 284 )J276 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'J' and (resid 285 through 297 )J285 - 297
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'J' and (resid 298 through 319 )J298 - 319
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'J' and (resid 320 through 330 )J320 - 330
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'J' and (resid 331 through 335 )J331 - 335
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J' and (resid 336 through 345 )J336 - 345
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'J' and (resid 346 through 350 )J346 - 350
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 5 )L1 - 5
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 6 through 15 )L6 - 15
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 16 through 25 )L16 - 25
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 266 through 280 )A266 - 280
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 281 through 296 )A281 - 296
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 297 through 303 )A297 - 303
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 304 through 321 )A304 - 321
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 322 through 331 )A322 - 331
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 332 through 342 )A332 - 342
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 343 through 351 )A343 - 351
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 1 through 15 )C1 - 15
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 16 through 25 )C16 - 25
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 265 through 275 )D265 - 275
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 276 through 312 )D276 - 312
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 313 through 319 )D313 - 319
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 320 through 330 )D320 - 330
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 331 through 336 )D331 - 336
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 337 through 350 )D337 - 350
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 1 through 15 )F1 - 15
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 16 through 26 )F16 - 26
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 266 through 275 )G266 - 275
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 276 through 296 )G276 - 296
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 297 through 311 )G297 - 311
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 312 through 319 )G312 - 319
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 320 through 329 )G320 - 329
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 330 through 342 )G330 - 342
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 343 through 351 )G343 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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