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- PDB-6lbt: Crystal structure of yeast Cdc13 and Stn1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lbt
タイトルCrystal structure of yeast Cdc13 and Stn1
要素
  • KLLA0C11825p
  • KLLA0F20922p,KLLA0F20922p
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Telomere / CST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / telomere capping / telomere maintenance / chromosome, telomeric region / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Stn1, C-terminal, fungi / Stn1, C-terminal domain superfamily / Telomere capping C-terminal wHTH / CST complex subunit Stn1, N-terminal / Telomere regulation protein Stn1 / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 ...Stn1, C-terminal, fungi / Stn1, C-terminal domain superfamily / Telomere capping C-terminal wHTH / CST complex subunit Stn1, N-terminal / Telomere regulation protein Stn1 / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
KLLA0F20922p / KLLA0C11825p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ge, Y. / Wu, Z. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into telomere protection and homeostasis regulation by yeast CST complex.
著者: Ge, Y. / Wu, Z. / Chen, H. / Zhong, Q. / Shi, S. / Li, G. / Wu, J. / Lei, M.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0F20922p,KLLA0F20922p
C: KLLA0C11825p
B: KLLA0F20922p,KLLA0F20922p
D: KLLA0C11825p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0335
ポリマ－111,9414
非ポリマー921
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area44400 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.971, 84.577, 165.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 KLLA0F20922p,KLLA0F20922p / Cdc13


分子量: 36577.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CJ70
#2: タンパク質 KLLA0C11825p / Stn1


分子量: 19392.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CTL1
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.225 M ammonium citrate tribasic, 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 33308 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.742 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 428976
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.6912.70.86332710.9010.2490.8990.451100
2.69-2.813.30.70132520.940.1980.7290.462100
2.8-2.9313.20.52732930.9690.150.5480.477100
2.93-3.0812.70.36832840.9820.1070.3830.521100
3.08-3.2812.50.25433030.9890.0740.2650.575100
3.28-3.5313.50.18333090.9940.0510.190.666100
3.53-3.8813.20.12833210.9960.0360.1330.829100
3.88-4.4512.60.09533470.9970.0280.0991.009100
4.45-5.613.20.0833700.9970.0230.0841.132100
5.6-5011.90.07335580.9980.0230.0771.28799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LBR, 6LBS

6lbr

6lbs


解像度: 2.6→36.207 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1624 4.92 %
Rwork0.2165 --
obs0.2185 33028 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.03 Å2 / Biso mean: 62.5444 Å2 / Biso min: 29.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→36.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7341 0 6 15 7362
Biso mean--58.35 49.53 -
残基数----900
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.67650.33751360.32762573100
2.6765-2.76280.34961530.31562544100
2.7628-2.86160.33261310.282588100
2.8616-2.97610.32991340.28132591100
2.9761-3.11150.3031370.27892574100
3.1115-3.27540.39461550.2752580100
3.2754-3.48050.26091320.22582583100
3.4805-3.74890.26351320.21752637100
3.7489-4.12570.25571300.20962628100
4.1257-4.72160.21461310.17182659100
4.7216-5.94450.20711340.17992664100
5.9445-36.20.20711190.1937278398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5407-0.1756-0.51550.7696-0.34162.0231-0.01060.0788-0.00620.02940.0347-0.02340.01620.0567-00.29-0.00420.0060.2973-0.02110.3486-11.7827.964-41.452
20.4445-0.1217-0.08380.8743-0.58741.3309-0.0121-0.1227-0.0366-0.1728-0.0076-0.00360.03150.166200.3708-0.0102-0.01520.40390.05430.3569-19.2332.0111.831
30.8206-0.10980.33991.0064-0.33241.6107-0.0049-0.0770.09560.08660.1008-0.10760.0118-0.023-00.36490.02610.01680.3486-0.03980.3885-13.43135.3349.299
40.41450.4567-0.5440.8276-0.12380.9746-0.0209-0.028-0.0466-0.0331-0.06580.0433-0.0090.0468-00.39070.06090.01930.37580.05950.367-23.56639.902-33.496
52.00071.99951.99962.00042.000520.19140.41730.6468-0.25690.15630.5502-6.22391.5187-0.28240.51430.05840.27960.82110.19070.58883.222.743-30.501
6-0.2229-0.1315-0.14320.1523-0.2353-0.0978-0.12790.1381-0.01740.09360.07330.1345-0.2324-0.02800.2336-0.08240.10480.4250.09030.5449-16.2432.551-1.532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 374:891 )A374 - 891
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 274:434 )C274 - 434
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 374:892 )B374 - 892
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 274:434 )D274 - 434
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1001:1001 )A1001
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1101:1102 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:502 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1001:1008 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:503 )A1101 - 1102
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1101:1102 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:502 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1001:1008 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:503 )C501 - 502
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1101:1102 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:502 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1001:1008 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:503 )B1001 - 1008
9X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1101:1102 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:502 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1001:1008 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:503 )D501 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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