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- PDB-6lam: Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lam
タイトルCrystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*098 complexed with lysophosphatidylethanolamine
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I protein / complex / lysophospholipid
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate / B protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shima, Y. / Morita, D.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K07172 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H05791 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K19563 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02852 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04805 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of lysophospholipid-bound MHC class I molecules.
著者: Shima, Y. / Morita, D. / Mizutani, T. / Mori, N. / Mikami, B. / Sugita, M.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,78541
ポリマ－86,8384
非ポリマー2,94737
水9,044502
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,62316
ポリマ－43,4192
非ポリマー1,20414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,16225
ポリマ－43,4192
非ポリマー1,74323
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)251.879, 46.729, 84.983
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.801, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 MHC class I antigen / MHC-class I protein


分子量: 31687.727 Da / 分子数: 2 / 変異: C167S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: Mamu-B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: A0A1E1GJG5
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11731.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q6V7J5

-
非ポリマー , 6種, 539分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EKG / (2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate / 1-O-パルミトイル-D-グリセロ-ル


分子量: 330.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H38O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.15 / 詳細: Tris 0.1 M, 2 mM ZnCl2, PEG6000 13%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79977133822→50 Å / Num. obs: 91433 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 22.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 46.34
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Num. unique obs: 4423 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zfz

4zfz


解像度: 1.8→40.09 Å / SU ML: 0.1878 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.1969 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 4463 4.88 %
Rwork0.1914 86953 -
obs0.1932 91416 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6122 0 173 502 6797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00746618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93678941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.07252506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.29021370.23872687X-RAY DIFFRACTION94.45
1.82-1.840.26991370.22622857X-RAY DIFFRACTION98.29
1.84-1.860.24381290.21342939X-RAY DIFFRACTION98.59
1.86-1.890.25781350.22172869X-RAY DIFFRACTION98.49
1.89-1.910.28081530.21592843X-RAY DIFFRACTION98.62
1.91-1.940.26491710.21442868X-RAY DIFFRACTION98.7
1.94-1.970.2391580.20972807X-RAY DIFFRACTION98.7
1.97-20.26831420.20972858X-RAY DIFFRACTION98.65
2-2.030.25771270.20982957X-RAY DIFFRACTION98.62
2.03-2.060.26721430.21322848X-RAY DIFFRACTION98.94
2.06-2.10.26151590.21232873X-RAY DIFFRACTION98.83
2.1-2.130.22891410.21862901X-RAY DIFFRACTION99.12
2.13-2.170.24771710.21042843X-RAY DIFFRACTION99.08
2.17-2.220.22291250.20452962X-RAY DIFFRACTION99.13
2.22-2.270.25531440.21042826X-RAY DIFFRACTION99.17
2.27-2.320.27851440.20292945X-RAY DIFFRACTION99.23
2.32-2.380.27981350.21382919X-RAY DIFFRACTION99.35
2.38-2.440.27571580.2122880X-RAY DIFFRACTION99.28
2.44-2.510.25041780.20622876X-RAY DIFFRACTION99.51
2.51-2.60.25871570.21372914X-RAY DIFFRACTION99.55
2.6-2.690.24931470.20362898X-RAY DIFFRACTION99.54
2.69-2.80.22281430.2112920X-RAY DIFFRACTION99.64
2.8-2.920.24471800.20432941X-RAY DIFFRACTION99.71
2.92-3.080.22481550.20112892X-RAY DIFFRACTION99.71
3.08-3.270.23281460.1922949X-RAY DIFFRACTION99.81
3.27-3.520.23941390.19032954X-RAY DIFFRACTION99.97
3.52-3.880.2161550.17962991X-RAY DIFFRACTION99.94
3.88-4.440.19691510.15172941X-RAY DIFFRACTION99.77
4.44-5.590.14831490.14542989X-RAY DIFFRACTION99.78
5.59-40.090.1921540.17083006X-RAY DIFFRACTION96.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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